内蒙古医学院中蒙医系成立于1958年，是全国西医院校中设置中医专业较早的系部之一，位于呼和浩特市锡林南路，距学院本部1.5公里处，是集教学、医疗、科研于一体，在校舍、后勤、财务等方面相对独立的系部。
目前本系部有在编教职工113人，其中教师72人（中医45人，蒙医27人）；教辅人员8人；医疗专业技术人员6人；行政后勤人员21人；其它专业技术人员6人。在编教师中具有高级职称人员36人（正副教授），硕士生导师10人；教师队伍中获硕士学位者8人，攻读博士学位者2人；有4名教师进入自治区“321”人才工程，14名教师进入学院“168”人才工程；有4名教授享受政府特殊津贴。
目前本系设有16个教研室，6个行政科室以及附属医院、学生公寓部和图书资料室等机构，建有中药、蒙药标本室和实验室，针灸按摩示教室，以及多媒体教室等。
本系现有本科注册全日制学生650名，研究生21名，成人函授生、留学生、委培生130名。
我系是内蒙古自治区培养中蒙医药高级人才的主要教学基地，建系以来一直以中医和蒙医本科教育为主，并结合地区特点，积极发展研究生教育，兼顾成人教育和留学生培养。现设置中医本科、中西医结合（方向）本科、针灸推拿本科及蒙医学4个专业。蒙医专业于1983年起停止招收本科生，只招收硕士生及蒙古留学生，从2003年起，经自治区教育厅批准，蒙医专业恢复本科招生。本系有3个硕士学位授予点，每年招收硕士生10名左右。从1996年开始招收蒙古、日本留学生，修中医和蒙医本科学业，现有在校生13名。
建系40多年来，已为自治区和国家培养出中蒙医药高级人才3000余人，遍及区内外，多数已成为医疗、科研和管理岗位上的学科带头人和业务骨干。
全系教师始终坚持教学、临床、科研相结合，以科研促教学，以教学带科研，现有近20名中蒙医教师主持或参与省部级科研课题；近三年获得省部级教学成果奖2项、科研成果奖3项、出版专著20余部，参编教材2部，发表学术论文300余篇参加国内外学术会议30余人次。
近年来我系积极与全国各中医院校及部分西医院校进行联络、交流。目前已与北京中医药大学、黑龙江中医药大学、上海中医药大学、南京中医药大学、湖南中医学院、宁夏医学院、沪州医学院、扬州大学医学院等10所国内院校及蒙古国医科大学建立了良好的合作关系。
中蒙医系全体师生团结奋进，克服困难，深化改革，加快发展，力争将民族医学教育办出特色，形成优势，为培养高层次复合型中蒙医人才做出贡献。