药学院前身为1977年成立的药学系,于2004年10月更名为药学院。现设有药学、中药学、药物制剂、制药工程4个本科专业，药学、药物制剂2个专科专业，2011年取得药学、中药学一级学科硕士授予权，其中中药学专业为教育部特色专业，药学专业和中药学专业为自治区品牌专业。2009年药学院被评为自治区教育系统先进集体。
药学院教学、科研实力雄厚。现有12个专业教研室，3个实验教学中心，其中药学基础实验教学中心为自治区实验教学示范中心。药物化学等8门课程被评为校级精品课程，其中5门课程被评为自治区级精品课程。天然药物化学教学团队为自治区级教学团队。蒙药研究所挂靠药学院，其各功能实验室是药学院教学、科研的主要平台。内蒙古自治区中蒙药重点实验室(科技厅)、内蒙古自治区医疗卫生领域蒙药学重点实验室（卫生厅）和内蒙古自治区高等学校蒙药重点实验室（教育厅）设在蒙药研究所，各种大型实验仪器设备价值近1000余万元。目前药学院承担各级各类科研项目23项，其中国家级项目4项，省部级项目16项，科研经费达660余万元。近年来药学院获自治区高等教育教学成果一等奖1项，自治区自然科学二等奖1项。药学院注重产学研结合，与天津天士力制药、赤峰天奇药业等十余家区内外企业联合开展人才培养、药物研发等工作，在体现高校三大职能方面发挥了重要作用。
药学院现有教学科研人员100人，其中教授25人（三级教授11人），副教授16人；具有博士学位9人，硕士学位39人；享受政府特殊津贴专家1人，自治区有突出贡献的中青年专家1人，自治区高等教育“111人才工程”第二层次人选1人，自治区“新世纪321人才工程”第二层次人选3人；自治区优秀教师1人。药学院拥有博士生导师1名（与天津中医药大学联合招生）、特聘教授3名、北京大学药学院等单位兼职硕士生导师5名。
截至2011年，已培养出本专科毕业生3200余人、硕士生230余人，现在校本科生为1020人、在校专科生为376人、硕士研究生97人。近五年的就业率均在90%以上。
杏林植芳树英才，桃李满园结硕果。药学院必将会一如既往地为国家和自治区的药学教育事业做出更大的贡献。