1956年，在原北京医学院、中国医科大学和国内一些其它知名医学院校支援下，一大批学者来到内蒙古医学院，组建了基础医学与公共基础课程各学科教研室，隶属一年级办公室。1959年5月，由一、二年级办公室合并成立了基础医学部，承担基础医学课程和公共基础课程的教学和科研任务。2004年12月，随着学院内部机构的调整，将公共基础部分自基础医学部划出，建立基础医学院。
基础医学院现有基础医学、法医学和生物学三个一级学科，下设31个科级机构。16个教研室，12个实验中心（实验室），三个日常事务、教科研和学生管理办公室。基础医学院承担着教学、科研、学生管理三大主要任务。目前有在读研究生129名，本科生1504名。
基础医学院拥有一支治学严谨、甘于奉献，既有优良传统，又有开拓创新精神的师资队伍。现有在岗教职工205人，其中教师172人，教授41人，副教授37人、讲师62人，助教28人，见习4人，教师中博士31名，硕士102名，本科39名；教辅及管理人员33人。35岁以下教师80％以上获得硕士或硕士以上学位。18名教师被确定为学校跨世纪学科带头人，有自治区突出贡献中青年专家4人，享受政府特殊津贴专家2人。12人进入自治区“321人才工程”，和“111人才工程”，17人进入学院“168人才工程”。有18人担任全国性一级学会理事或专业委员会委员，自治区一级学会理事长3人、副理事长8人。基础医学院现有的师资队伍结构逐渐趋于合理，学历层次得到不断得到提高。
基础医学院是学校主要的教学基地，目前除承担全校各专业研究生和本、专科生基础医学课程教学任务外，还招收培养法医学、生物学技术、应用心理学专业的本科学生，承担学校预科专业的教学和管理。每年开设课程66门。近十年来共编写出版教材和专著68部，获得自治区、学校教学成果奖16项。现有自治区重点学科1个、教育厅重点实验室2个、卫生厅重点实验室3个，自治区基础医学重点实验室4个、条件合格实验室5个，自治区实验教学示范中心2个，自治区级精品课程5门，自治区优秀教学团队1个，自治区级教学名师1人，自治区级教坛新秀1名。基础医学院是我国第一批硕士研究生培养单位，现有医学和理学2个学科、7个专业、5个硕士研究生培养点，基础医学是一级学科硕士授权点。
基础医学院是学校重要的科学研究基地。十一五期间共承担和完成各类科研课题113项，获得科技成果奖33项，发明专利2项，发表科研论文900余篇。十一五期间完成和承担国家自然科学基金项目3项，国家教育部课题5项，自治区级自然科学基金项目及自治区卫生厅、教育厅科研项目共81项，学校重大科研课题和青年科技基金课题23项，横向课题4项，累计获得科研经费约1177.92万元。近年来，在学校重视支持下，基础医学院加大了实验室建设力度，目前以分子生物学实验中心、分子病理学实验室这两个自治区重点实验室为龙头的科研实验平台全面对校内外开放，配备有流式细胞仪、毛细管电色谱仪、双向电泳与蛋白质组学图象分析系统、多种离心机、细胞培养设备、超低温冰箱、多功能信号检测仪、PCR仪、紫外分光光度计等设备。定量PCR仪、有机碳分析仪、高效液相色谱、顶空气相色谱仪、低氧培养系统、激光捕获显微分离系统、快速纯化系统、基因转移系统、荧光分光光度计、Powerlab、酶标仪等设备也即将投入使用。具有较好的开展细胞学、生物化学与分子生物学、生理学、病理学、药理学、免疫学等方面科学研究的条件。
50多年来，在学校党委和行政的正确领导下，经过基础医学院几代师生员工艰苦创业与辛勤耕耘，基础医学院在教学、科研等方面取得了显著成绩，为国家培养了一批又一批优秀的医学人才，为学校的发展做出了应有的贡献。近年来，在自治区教育厅和学校的重视、支持下，基础医学院的学科建设、实验室建设有了很大发展，教学、科研条件得到明显改善。基础医学院的广大师生员工，坚持以教学为中心，以创新促发展，继续秉承老一辈内医人的优良传统，与时俱进、开拓创新，抓住机遇，奋起新一轮创业，再谱内医新篇！