计算机信息学院成立于2010年12月，是由计算机技术、网络技术、医学信息管理与信息系统、医学多媒体技术、物理、数学等六个教研室组成的二级学院。计算机信息学院三个学科门类共承担医学院各专业 、各层次20多门公共课程的教学任务，同时承担医学信息系统与信息管理专业、医用电子仪器维护专业学生的管理工作，两个专业现有学生417人。医学信息管理与信息系统专业是内蒙古医学院为适应社会对医学和信息技术的复合型人才的需求而新上专业，于2004年9月开始招生，2011年6月申请成为校级品牌专业。计算机信息学院为适应高等医学教育的发展需求，利用自身优势，积极拓展教育发展思路，在不久的将来培养更多适应社会发展需要的优秀人才。
计算机信息学院现拥有计算机教学机房、物理实验室等先进的实验设施，学院以教学为中心，严把教学质量关，近年来取得了可喜的成绩，多名青年教师在全校教学技能比赛中获奖。在全区高校非计算机专业等级考试中，我校学生通过率都曾多次在全区名列前茅。学院积极鼓励教师更新理念，大胆创新，推动教学改革。建院以来，全体教师热情饱满，不仅重视专业理论水平的提高，而且也重视自身综合素质的提高，积极进行教学理论和教学方法的研究，不断提高自己的科研能力，学院的教育教学质量不断提高。
计算机信息学院总体上设有院长办公室，副院长办公室，综合办公室，教学科研办公室和学生工作办公室（团总支）等五个行政机构；设有计算机技术教研室、网络技术教研室、医学信息管理与信息系统教研室、医学多媒体技术教研室、物理教研室、数学教研室等六个教学机构；设有计算机实验中心、现代教育技术中心、物理实验室三个教辅机构。全院现有教师教职工45人，其中教授2人，副教授7人，讲师14人，助教11人，高级实验师7人，实验师2人，助理实验师2人。教师中具有博士学位的1人，具有硕士学位的17人，在读硕士4人，共有6人在国家和自治区的专业学会兼职。
面对机遇和挑战，计算机信息学院全体教职工将把培养基础扎实，知识面广阔，善于独立思考，勇于创新的开拓型人才作为立院之本，及时调整学科建设与发展思路，进一步拓宽基础课程教学与管理的领域与范围，为打造完备而坚实的基础教育教学平台而努力。