内蒙古农业大学生物工程学院始建于1996年，1999年正式更名为生物工程学院。现已形成理、工两个学科门类的本科和研究生层次的办学体系。
学院设有生物工程、生物技术、生物科学和制药工程（生物）等4个教研室和本科专业。拥有动物发育生物学与生物技术博士点1个、生物学一级学科硕士学位点1个和发酵工程硕士学位点。设有本科实验教学中心、内蒙古农牧渔业生物实验研究中心、动物遗传育种与繁殖学自治区重点实验室、生物学高级研究平台等教辅单位。在中牧金河生物药业股份有限公司、中国科学院内蒙古草原生态系统定位研究站、内蒙古蒙牛乳业（集团）股份有限公司、内蒙古金川保健啤酒高科技股份有限公司等建立了4个校外实习、实训和科研基地。
生物工程学院现有专任教师58人，其中教授10人、副高15人、博士生导师4人、硕士生导师18人、19位教师具有博士学位，我院教师有享受国务院特殊津贴、新世纪百千万人才工程国家级人选、全国师德标兵、全国三八红旗手、中国青年女科学家奖获得者、内蒙古十大杰出青年、内蒙古青年五四奖章获得者、内蒙古青年科技奖获得者、内蒙古有突出贡献的中青年专家等。学院现有在校本科生765人。
在科研方面，国内首次完成体细胞克隆绵羊，达到了国内领先、国际先进水平。近年主持自治区重大科技专项、国家自然科学基金项目和各级合作科研项目共59项，总经费达700余万元。在Plant Physiology、Blood、The Protein Journal等杂志上发表学术论文161篇，其中被SCI、EI、ISTP收录35篇。
学院连续被评为社会治安综合治理先进单位、毕业生就业工作先进单位、学生工作先进集体、大学生三下乡社会实践优秀分队和自治区高校工委评为先进基层党组织。
面对新世纪生物技术的飞速发展，学院结合国家和自治区经济建设需要，合理规划，形成以生物上、中、下游技术为内在联系的优化教育体系，已成为我区高层次生物科学人才的培养基地。