内蒙古大学的研究生教育始于1962年，后由于文革影响一度中断。自1978年改革开放始，内蒙古大学的研究生教育走上了新的发展道路。随着学校“211工程”建设的进展，研究生教育也进入了全面发展的新时期。2000年学校在原研究生处的基础上成立研究生院（筹），下设三个办公室：研究生招生办公室（与院务办公室合署）、学位与培养办公室（挂靠学校学位办）、思想政治教育与管理办公室（与团总支合署）。研究生院（筹）的成立，使内蒙古大学逐步形成了较为完善的学位与研究生教育管理体系。
经过几十年的建设，目前内蒙古大学有3个博士后科研流动站，1个生物学一级学科博士学位授权点（含12个二级学科），17个二级学科博士学位授权点（含一级学科），60个硕士学位授权点及MBA、MPA、法律硕士、工程硕士和“高校教师”等5类专业学位授权点；有中国工程院院士1位，博士生导师40余位，硕士生导师260余位。已经形成了学科门类较为齐全、师资力量雄厚、管理规范、规模适度的发展状况，为科教兴国和西部大开发培养了大量的高级专门人才。
截止到2004年9月，内蒙古大学共有在校硕士（学历）研究生1581人，博士（学历）研究生163人，MBA专业学位硕士（非学历）研究生212人。从1978年至2004年7月，内蒙古大学共毕业博士、硕士研究生2000余名，他们分布在祖国各地、特别是内蒙古地区，为内蒙古的经济进步、社会发展以及国家的繁荣昌盛作着有力的贡献。
随着研究生招生、培养规模的不断扩大，将有更多的朝气蓬勃的优秀人才在内蒙古大学脱颖而出，加入到全面建设小康社会的生力军队伍当中去。内蒙古大学的研究生教育将随着学校的整体发展在新世纪取得质的飞跃。