该专业利用微生物学、分子生物学、发酵工程和免疫学的理论和技术，以畜禽常见病原微生物、抗生素生产菌、主要农作物为研究对象，在以下几方面进行研究：
（1）畜禽常见病原微生物基因工程抗体和基因工程疫苗研究研究；
（2）抗生素生产菌菌种选育和发酵工艺研究；
（3）主要农作物真菌病害防治研究。研究成果将对某些危害人类及动物传染病的诊、防、治，微生物制药和主要农作物真菌病害防治具有重要的理论意义和经济价值。
本方向有硕士导师3人，教授1人，副教授2人，已经招收硕士生10名。赵宝华教授主要从事分子细菌学研究。