医学系成立于2008年，是临床医学院内部机构设置比较完备，在校学生人数最多的系。自成立以来，医学系本着学院“教学为先、质量为本、特色兴校”的教学理念，努力培养思想品德优良，具有创新精神和实践能力，既掌握医学基本知识，又具备良好临床应用能力的高素质医学人才。现设有临床医学、医学影像学、医学检验学、麻醉疼痛学四个专业及专业方向，在校生人数1957人，已有三届毕业生，毕业人数达1335人。临床医学专业（及专业方向）学制五年，毕业合格授予医学学士学位。随着学院教学条件和专业建设的不断提升和完善，毕业学生的综合素质逐年提高，就业率均在95.9%以上。考取研究生比例约在9.61%。其中2011届毕业生考研率达到16%。医学系现有教职工31人，其中主任2人，教学秘书2人，学生辅导员7人，专任教师20人。设有主任办公室、教学办公室、学生办公室以及英语、数学与计算机、医学基础等教研室，同时设有计算机机房、英语听力教室、实践技能实训中心等实践教学机构，能够保证全系教学及日常管理工作的正常运行。