南开大学信息学院自动化系是在1972年成立的自动控制专业基础上组建而成，是全国高校中最早设立该专业的单位之一。
自动化系设有控制理论与控制工程、运筹学与控制论2个博士点和博士后流动站，设有控制理论与控制工程、模式识别与智能系统、运筹学与控制论3个专业硕士点，设有自动化本科专业。
自动化专业是一个应用面广、适应性很强的工科专业。该专业培养目标是：在自动化领域运用自动化和计算机技术在系统分析、设计、控制、优化与决策等方面从事研究与开发的复合型的高级专业人才，使学生在自动控制、计算机技术和信息处理技术方面具有坚实的专业基础，具有很强的自动化领域前沿技术研究、实验能力和软件开发能力，能够胜任控制系统和信息系统的分析、设计、开发和研究工作。开设的主要专业课程有：自动控制原理、现代控制论基础、计算机控制系统、智能控制、系统建模与辨识、现代管理方法及应用、运筹学、计算机原理、电工学基础、模拟与数字电路、计算机网络、数据库原理及应用、操作系统、离散数学、数据结构等。
自动化系学习空气浓厚，学术思想活跃。近几年来先后承担国家各部和省（市）科研项目、“863”高科技项目、自然科学基金项目和横向合作课题90余项，获国家级和省部级奖20余项，发表学术论文400余篇，被SCI、EI、ISTP收录的论文60余篇，出版书籍20余部。
自动化系与美国、英国、德国、香港、新加坡等国家和地区有学术交流和合作关系。邀请外籍专家、学者每年来系讲学、访问，不定期选派教师和研究生出国访问、进修、合作研究、参加学术会议和攻读博士学位，积极开展学术交流活动。