2006年1月国务院颁布的《国家中长期科学和技术发展规划纲要》（2006－2020年），对我国今后十五年的科技工作做出了总体部署。蛋白质研究被列为今后15年全国重点部署的四项重大科学研究计划之一，同时，国家实验室建设被列为科技基础条件平台建设的重点。党中央国务院对蛋白质科学研究和国家实验室建设的高度重视，充分体现了蛋白质科学研究和国家实验室建设在引领未来科学技术发展、实现重点跨越式发展、建设创新型国家中的重要战略地位和重要战略意义。
2006年12月，科技部召开国家实验室工作通气会，通报了近期启动的10个国家实验室筹建试点，结合国家未来十年科学发展战略，以及中国科学院生物物理研究所蛋白质科学研究的优势，明确依托中国科学院生物物理研究所筹建蛋白质科学国家实验室。目前，蛋白质科学国家实验室正在积极筹建中。