一、主要职责
（一）承担中药民族药注册检验、监督检验、委托检验、口岸检验以及相关检验检测的复验和技术检定工作。
（二）负责中药民族药新药和进口药品的注册检验、质量标准复核以及国家标准制修订的技术复核与验证工作。
（三）承担中药民族药标准物质研究和标定工作。
（四）开展与中药民族药检验方法、质量标准等相关的新方法、新技术研究。
（五）负责中药民族药标本的收集、鉴定、整理及中药标本馆管理工作。
（六）承办院交办的其他事项。
二、内设机构
根据上述职责，中药民族药检定所设置以下6个内设机构：
（一）综合办公室
负责所内行政事务和检验检测业务的综合、组织、协调和管理；拟订有关管理制度并组织实施；承担所工作计划、会议组织、公文运转、检验报告审核、文书档案、政务信息、督查督办和机要等综合工作；承担中药进口药品相关管理工作；承担中药民族药检验检测相关标准的管理工作；负责组织和协调有关国际合作、学术交流和培训等工作；承办所交办的其他事项。
（二）中药民族药标本馆
承担中药民族药标本的采集、制作、鉴定、维护、展示和管理；开展数字化标本馆的建设工作；开展相应技术方法的研究及技术人员培训；承办所交办的其他事项。
（三）中药材室
承担中药材、中药饮片的检验以及相关检验检测的复验和技术检定工作；承担相关新药的注册检验、质量标准复核以及国家标准制修订的实验研究、技术复核与验证工作；承担对照药材的研究和标定工作；承担开展中药分子生物学研究和检验工作；开展相应技术方法的研究及技术人员培训；承办所交办的其他事项。
（四）中成药室
承担中成药的检验以及相关检验检测的复验和技术检定工作；承担相关新药的注册检验、质量标准复核以及国家标准制修订的实验研究、技术复核与验证工作；承担中药化学对照品的研究和标定工作；开展相应技术方法的研究及技术人员培训；承办所交办的其他事项。
（五）天然药物室
承担天然药物、进口中药材、进口天然药物制剂的检验以及相关检验检测的复验和技术检定工作；承担相关新药的注册检验、质量标准复核以及国家标准制修订的实验研究、技术复核与验证工作；承担天然药物、进口中药材、进口天然药物制剂相关标准的起草与修订工作；开展中药外源性有害残留物、生物检测方法的研究和检测工作；开展相应技术方法的研究及技术人员培训；承办所交办的其他事项。
（六）民族药室
负责组织开展民族药的品种整理和评价等方面的工作；承担民族药的检验以及相关检验检测的复验和技术检定工作；承担相关新药的注册检验、质量标准复核以及国家标准制修订的实验研究、技术复核与验证工作；开展相应技术方法的研究及技术人员培训；承办所交办的其他事项。