中国疾病预防控制中心农村改水技术指导中心（简称“改水中心”）成立于1991年，原名中国农村改水技术中心，时为全国爱国卫生运动委员会直属单位，负责全国农村改水改厕的业务指导和技术服务工作。
1996年起，开始承担世界银行贷款中国农村供水与环境卫生项目的日常管理工作。
2002年元月23日正式更名为现名称，成为中国疾病预防控制中心领导下的农村改水、改厕专业技术指导机构。
改水中心现有工作人员40余人，主要开展以下方面的工作：
为政府制定与农村改水改厕相关的法律、法规、规章、标准、规范等提供科学依据，为农村疾病预防控制相关决策和规划提供建议和咨询意见
组织制定全国农村改水改厕相关业务的工作计划和方案，并组织实施
承担并组织全国农村改水改厕相关业务信息的收集、分析、整理和交流
承担全国农村改水改厕相关的科学研究，参与相关的调查、监测和评价
承担并组织全国农村改水改厕工程的技术指导、审核和评价
研究制定农村改水改厕相关的宣传教育策略，提供宣传教育材料，为开展相关宣传教育活动提供技术支持及效果评价
参与卫生村镇创建活动，为卫生村镇创建提供技术支持
承担对全国各级疾控中心农村改水改厕相关业务的培训和技术指导
参与农村改水改厕相关技术和成果的评价、鉴定及推广应用
开展相关业务的国际交流与合作
承办上级领导交办的其它任务