中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室于1989年6月成立，1993年12月实验室正式对外开放，1995年12月实验室通过验收。实验室现任主任为东秀珠研究员，学术委员会主任为赵国屏院士。
实验室定位是：根据建设创新型国家的总体战略，以国家经济和社会发展的重大需求为导向，瞄准微生物学科前沿，开展微生物资源利用的基础和应用基础研究。通过对重要微生物生命机制的认识，开发其功能，实现生物技术创新，从而为解决生物能源、工业改造、农业发展、环境保护和人口健康等相关问题提供思路、策略和途径。
实验室开展微生物资源利用的基础和应用基础研究，研究方向包括：微生物资源的收集、评估和生物学基础研究；微生物生物活性物质的代谢调控；微生物的生物催化与转化研究及其应用。
实验室近5年共承担国家任务89项，包括国家重点基础研究发展规划（973）项目3项，973课题16项，国家863计划课题17项，国际合作项目6项，国家自然科学基金重点项目6项，国家杰出青年基金项目2项，面上项目36项，中国科学院知识创新工程方向性项目33项，基金委创新研究群体项目1项。特别是，本室成员获得了首个微生物领域的基金委创新研究群体项目“极端环境微生物生命特征及环境适应机理”，并作为首席科学家和主体承担了3项973计划项目“极端微生物及其功能利用的基础研究”、“生物炼制细胞工厂的科学基础”和“人工合成细胞工厂” 。
实验室的科研工作保持了快速发展的态势。近5年，在PNAS、Mol Microbiol、Nucleic Acid Res、J Biol Chem、Proteomics、J Bacteriol、Environ Microbiol、Appl Envrion Microbiol等本学科高端刊物上发表论文285篇，其中，SCI影响因子大于5的论文22篇，大于3的76篇，占论文总数的26%；获得国家科技进步二等奖1项、省部级奖2项。申请发明专利30项，获得专利授权24项。技术转让6项，到位经费1238万元。目前，本室在微生物资源、极端微生物、微生物次级代谢以及微生物产物及功能的利用方面处于国内领先地位，并具备了一定的国际影响力。
在队伍建设方面，本室注重学科传承和培育新的学科生长点，理性引进人才，大力培养人才，打造相对稳定和动态发展的研究团队；并加强支撑队伍建设，提升科研竞争力。目前，本室共有固定人员59人，包括研究人员53人，技术支撑人员5人，管理人员1人。其中，国家杰出青年基金获得者5人，中国科学院“百人计划”入选者6人，43人具有博士学位，34人具有高级职称。50岁以下中青年科研人员54人，占91.5%。随着研究力量的不断整合以及研究团队的形成，本室的研究更具特色，优势更为突出，在极端微生物研究领域，已拥有一个基金委创新群体，在次级代谢及环境微生物领域，也已形成具有国际竞争力的研究团队。
实验室注重公共技术支撑平台建设，发挥国家重点实验室在国家科技能力创新的中坚力量和辐射作用。本室通过研究人员兼职、资源及科技支持等方式，支持依托单位建立了国内第一个与国际接轨的微生物资源中心（BRC），通过该公益设施推动微生物资源的共享和应用。
实验室致力于实验室文化建设，将实验室运行管理作为文化建设的重要内涵。实验室长期坚持室务例会制度、实验室年度学术报告会制度，修订和完善了一系列管理规章制度，注重依托单位的指导和帮助，充分发挥由多学科专家组成的学术委员会的作用，使实验室成为“求真务实、摒弃浮躁、真诚互助、矢志创新”的团体。
实验室积极推动国内外学术交流与合作。5年中，主办国际会议6次，主持开展国际合作项目6项；共有29人次做国际会议特邀报告；同时，邀请国际著名学者来室作系列学术讲座，提高青年科研人员的专业水平，了解本领域的国际动态。目前，7位研究人员在本领域的国际机构和国际刊物任职。本室还与国内许多单位开展科研合作，提供技术服务和咨询，并努力实现微生物资源的共享。