中国科学院微生物研究所微生物资源中心（IMCAS-BRC）是在中国普通微生物菌种保藏管理中心（CGMCC）和微生物所信息中心的微生物资源信息数据库与共享平台基础上，通过设立微生物功能评价部门，并完善质量保证系统而组建的公益性机构。它在CGMCC的微生物物种保藏基础上，重点加强了微生物资源深度开发利用的研究以及资源质量保证及其共享的标准体系。
IMCAS-BRC以科学家为主导，以技术人员为主体，依托微生物资源前期开发国家重点实验室和中国科学院真菌地衣系统学重点实验室的研究优势，将注重认识并开发利用微生物资源的功能；同时，以“整合资源、认识功能、开放共享、服务社会”为建设原则，IMCAS-BRC将对科研、教学及产业部门提供资源和技术服务，并与国内外科研机构、产业实体开展合作研发。
基于完善的信息数据系统，IMCAS-BRC与国际上多个微生物资源中心（BRC）合作共享资源信息，共建地区、乃至全球的BRC网络；同时按照经济合作与发展组织（OECD）的BRC标准，进一步完善资源管理体系和质量保证系统。
微生物资源前期开发国家重点实验室主任东秀珠研究员担任IMCAS-BRC主任。IMCAS-BRC下设4个部门：保藏部、功能评价部、信息部和质量保证办公室。保藏部主任为中国普通微生物菌种保藏管理中心主任周宇光；功能评价部主任为中国科学院真菌地衣系统学重点实验室研究员车永胜；信息部主任为微生物研究所信息中心主任马俊才；质量保证办公室主任为微生物研究所工业微生物与生物技术研究室研究员张立新。
1．微生物资源中心保藏部
微生物资源中心保藏部（以下简称保藏部）以中国普通微生物菌种保藏管理中心（CGMCC）为基础组建，宗旨是广泛收集保藏各类微生物菌株、细胞株和基因，为微生物资源的保护、共享和持续利用提供服务和支持。
CGMCC成立于1979年，是提供专业技术服务的公益性机构。作为国家知识产权局指定的专利微生物保藏中心，1995年被世界知识产权组织批准具有布达佩斯条约国际保藏单位资质。保藏部建有菌种库、细胞库和基因库。目前保藏各类微生物菌种4000余种、35000余株（其中用于专利程序的培养物3200余株），并建有热泉和牦牛瘤胃微生物群落元基因组BAC文库和质粒文库（库容量达76000个克隆、DNA插入片段达418 Mbp）。
保藏部设有高通量培养技术组、环境基因资源技术组、细胞培养技术组及快速准确鉴定技术组。技术人员目前正在建立一系列技术平台，包括难培养和特殊环境微生物的高通量培养和保藏技术平台，环境基因组文库建立和保藏技术平台，及准确快速物种鉴定技术平台等。这些技术平台的建设目标是获得特殊类群和特殊功能的微生物培养物及其功能基因，为微生物功能的利用贮备具有自主知识产权的资源。
保藏部对科研、教学和政府部门提供各类微生物菌种和细胞株，保存用于专利程序的各种可培养生物材料，鉴定微生物菌种，并提供与微生物资源相关的技术咨询和情报服务。CGMCC还与国内外微生物保藏及研究机构保持着密切联系。
2.微生物资源中心功能评价部
微生物资源中心功能评价部（以下简称功能评价部）以中国普通微生物菌种保藏管理中心（CGMCC）、微生物资源前期开发国家重点实验室、中国科学院真菌地衣系统学重点实验室的研究力量与菌种资源为依托，建立微生物功能活性物质的高通量筛选技术体系和评价系统；利用该技术体系发现与人类生活和健康密切相关的微生物代谢产物，最终形成一个开放共享的生理活性及功能物质的发现与评价技术平台。
功能评价部主要开展小分子化合物和蛋白质（酶）的筛选与评价。以重要疾病包括传染病、肿瘤等为靶标，建立小分子化合物高通量筛选模型及方法；以工业发展和人类生活的需求为出发点，建立高通量酶活筛选模型与方法，包括糖苷酶、蛋白酶、脂肪酶及其它重要工业用酶等。目的是促进微生物资源的可持续利用。
功能评价部还将建立蛋白质高效表达技术平台，包括数种原核和真核生物表达系统，尤其是可同时表达数个基因的丝状真菌/放线菌表达系统, 用于元基因组文库中功能基因的表达。
功能评价部建有微生物次生代谢产物（粗提物）、部分纯化（馏分）以及纯化合物的样品库，同时建立了部分筛选模型与评价方法。本部将不断扩充样品库的库容量，建立和引进多个筛选模型，拓展功能筛选和评价，并对外开放，积极开展与研究及产业部门的合作。
3. 微生物资源中心信息部
微生物资源中心信息部（以下简称信息部）设立于微生物研究所的信息中心，致力于建设微生物资源信息管理平台、建立数据标准与数据规范、开发微生物资源数据库和建设对外信息共享门户。
信息部作为中国科学院典型培养物委员会信息中心、亚洲微生物资源保藏与可持续利用协会中国节点、国际生物镜像网中国国家节点、Global BRC Network成员单位，长期以来致力于我国微生物资源的信息化，目前已经建立了微生物菌种信息数据库、物种生理生化性状数据库、核酸序列数据库、菌种销售数据库、客户管理数据库、中国科学院典型培养物数据库、亚洲微生物资源目录数据库，并建立了我国微生物学领域最大的信息共享网，可共享数据资源超过1TB。信息部开发的微生物资源管理系统，已被我国多家微生物资源保藏中心使用，并作为亚洲微生物资源网的信息门户平台。
目前，信息部会同保藏部和质量保证办公室，在维护和更新现有各数据库系统的基础上，正在建立高通量筛选数据库、指纹图谱/分子标识数据库、微生物条形码库、微生物志数据库和生物信息数据库。此外，信息部正在开发微生物资源专用检索引擎和生物信息学超级计算平台。
4. 微生物资源中心质量保证办公室
微生物资源中心质量保证办公室负责中心的微生物资源和技术服务质量管理、知识产权管理和生物安全管理，以及中心的宣传等工作。目标是通过规范化管理，达到保证技术服务质量、保护知识产权、杜绝安全事故的目的。
质量保证办公室的职责包括如下三方面：
1.中心的资源及技术服务的质量保证工作：制定并组织建设中心的质量管理体系，编制管理文件，组织内部审核等；组织实施实验室认可、计量认证工作，联络评审机构；组织实施质量体系培训计划和能力验证等质量控制工作；协助工作委员会评估中心各部门的年度质量报告。
2.知识产权管理工作：制订中心微生物资源相关的知识产权工作规划和计划；执行国家知识产权局和世界知识产权组织下达的工作；组织中心科研人员的知识产权法律、法规培训；协助研究所知识产权主管行政部门审查、签订中心与国内外研究、开发机构的知识产权合作协议和技术合作协议。
3.生物安全管理工作：制定实验室生物安全技术方案和实验室生物安全事故应急预案；组织中心科研人员开展实验室生物安全事件应急知识和处理技术的培训；评估、确定保藏部受理保藏微生物菌种的生物危害等级；协助研究所生物安全主管行政部门组织实验室生物安全检查，监督实验废弃物处理；发生实验室安全事件时，负责向研究所主管部门报告，启动应急预案，及时组织现场处置。