分子病毒中心将以构成严重威胁的人类健康的动物源性传染病病毒和危害农作物的植物病毒为研究对象，利用生物信息学、分子流行病学、分子病毒学以及蛋白质组学等现代生命组学的技术，在病毒基因组遗传与变异规律、病毒与宿主细胞受体的作用机制、病毒功能蛋白与宿主细胞内蛋白相互作用机理等方面开展研究，从而确定病毒功能蛋白基因的遗传变异与致病性、宿主范围、分子生态进化等关系，揭示病毒的分子发生机理，在病毒演化规律、种间屏障突破机制、探讨病毒和与宿主的相互作用以及宿主细胞内蛋白对于病毒感染的分子作用机制。
| 中心成员 | 职 称 | 所在单位及职务 | 学科方向 |
| 刘文军 | 研究员 | 中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室，室主任 | 分子病毒 |
| 田 波 | 院 士 | 中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室 | 分子病毒 |
| 方荣祥 | 院 士 | 植物基因组学国家重点实验室，室主任 | 植物病毒 |
| 高 福 | 研究员 | 中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室，室主任 | 分子病毒 |
| 郭惠珊 | 研究员 | 植物基因组学国家重点实验室 | 植物病毒 |
| 黄文林 | 研究员 | 中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室 | 分子病毒 |
| 孟松东 | 研究员 | 中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室 | 分子病毒 |