090102 作物遗传育种
作物遗传育种学科 1997 年被列为北京市重点建设学科，北京农学院重点学科。学科现有教授 3 名，副教授 6 名。近几年，承担国家级和省部级课题 30 项，获省部级科学技术奖 5 项，育成品种 8 个。
本学科有 3 个研究方向：作物种质资源创新与利用，作物抗逆育种与品质改良和作物分子遗传与育种。主要从事作物抗逆和品质改良分子遗传学、作物基因的分子标记、基因定位、基因克隆、基因功能分析、分子标记辅助选择育种、食用豆类分子遗传和比较基因组研究、小豆种质资源创新与利用、小豆遗传育种、大豆种质资源创新与利用、玉米群体改良、玉米遗传育种、小麦种质资源研究、小麦遗传育种等研究。
本学科设有作物遗传育种研究所，下设小豆研究室、大豆研究室、玉米研究室和小麦研究室。建有种质库和综合实验室 1970 ㎡ ，仪器设备 994 万元。校内试验基地 8h ㎡ ，校外基地 10 个。
090201 果树学
北京农学院果树学科始建于 1979 年， 1993 年被列为北京市重点建设学科， 2003 年被列为北京市重点学科，目前共培养研究生 100 多名。
该学科现有教授 10 人，副教授 16 人，享受国家政府特殊津贴 3 人，学科中博士占 60% 。现有实验室面积 1430 ㎡ ，仪器设备 1350 万元。
近 5 年来该学科共承担 28 项国家和省部级项目，获北京市科技进步二等奖 2 项、三等奖 4 项，北京市农业技术推广一等奖 3 项、二、三等奖 5 项，发表论文 156 篇，合作出版著作 12 部，创经济效益 10 亿多元。
该学科以开展都市型现代果业科学研究为特色，以培养高质量的高级专业人才为目标，设有果品优质生态安全、果树种质资源利用与创新、果树发育分子生物学等研究方向，其中“果品优质生态安全”团队为北京市科技创新学术团队。
090202 蔬菜学
蔬菜学科为北京农学院重点建设学科。蔬菜学科现有教授 4 名，副教授 7 名，其它教师 6 名。具有博士学位人员占整个师资队伍的 50% ，有留学归国人员 4 人。
蔬菜学科拥有先进的仪器设备和设施齐全的实验场地。近年来，已主持完成教育部、农业部、北京市自然科学基金、北京市科委、北京市农委和北京市教委等省部级以上课题 20 多项。先后获国家科技进步二等奖 1 项、农业部和其它省部级科技进步二等奖 2 项，北京市科学技术进步二等奖 2 项，省部级三等奖 3 项，北京市教学成果一等奖 1 项。在研科研经费近 500 万元。近年来，在国外刊物和国内核心期刊上发表学术论文 200 多篇，出版专著 30 余部。
北京农学院蔬菜学科紧密围绕北京区域经济发展的特点，在蔬菜逆境生理、蔬菜育种与生物技术、绿色和有机蔬菜生产、食用菌资源开发与利用、野菜开发利用等领域形成了自己的研究特色。目前主要开展以下 2 个方面的研究工作：蔬菜生理与优质安全栽培、蔬菜育种与生物技术。
090601 基础兽医学
该学科为北京农学院重点建设学科，经多年建设和发展，形成了中药药理与药物残留、兽医公共卫生、动物解剖与组织胚胎三个研究方向， 2005 年由国务院学位办批准为硕士研究生授权点。本学科与日本麻布大学建立姊妹校关系， 2007 年首次选派 2 名研究生赴日深造。
本学科是北京市品牌专业，现有硕士研究生导师 11 名，有北京市重点实验室——兽医学（中医药）实验室等 3 个专业实验室， 1 个国际培训中心。目前主持的在研项目共 39 项，国家自然科学基金 4 项，国家“十一五”科技支撑计划 2 项，国家 973 项目 1 项。总经费达 500 余万元，近 3 年获国家级奖及省部级奖 5 项，国家发明专利 5 项，在 SCI 及国内核心期刊发表论文 300 多篇。
该学科旨在探索药物作用机制的基础上，积极开发具有自主知识产权的新兽药；在兽药残留快速检测技术及产品开发、中药有效成分提取、中药饲料添加剂研制等方面取得了显著成就。 2005 年与中国农业大学合作的项目获北京市科技进步一等奖；抗球虫药研究获农业部二类新兽药证书；畜禽抗应激中兽药的研制开发获得北京市农业推广二等奖，系列禽用中兽药产品研发取得了 10 项四类新兽药证书，已申报 4 项国家发明专利。
090603 临床兽医学
该学科于 2002 年批准为北京市重点建设学科， 2003 年由国务院学位办批准为硕士研究生授权点。在中兽医药、胚胎工程和宠物临床三个研究方向上形成了鲜明的特色。本学科与日本麻布大学建立姊妹校关系， 2007 年首次选派 2 名研究生赴日深造。
本学科现有硕士研究生导师 11 名，有北京市重点实验室——兽医学（中医药）实验室等 2 个专业实验室和 1 个国际培训中心。近 5 年共承担 38 项国家及省部级项目，获北京市级奖 1 项，转让成果 17 项，发表论文 260 多篇。
中兽医药方向着重结合近代兽医学理论、实验方法和诊疗手段，揭示中药的效应机理和针灸的作用机制，与此同时，专注于畜禽规模化养殖中系列中兽药的研制开发；胚胎工程方向侧重于胚胎移植、体外受精、胚胎分割、胚胎冷冻保存、胚胎性别鉴定、活体采卵等方面的研究，成果曾获得北京市科技进步奖 3 项。宠物临床方向针对都市农业特点，开展观赏和伴侣动物疾病的相关研究，采用中西医结合的方法重点解决动物老年性疾病及眼科疾病。
120301 农业经济管理
农业经济管理学科是北京农学院传统优势学科，现已成为北京市重点建设学科。目前全系共有教师 50 人，其中教授 6 名，副教授 14 名。经过 30 多年的发展，该学科现已形成三个稳定的研究方向：都市型现代农业、农村发展和农产品市场与贸易。
都市型现代农业方向侧重于都市型现代农业的理论体系、运行机制与模式、政策与措施等方面的研究，在国内同类学科中有较强的影响力。获得北京市科学技术奖 3 项，科研经费达 200 万元，发表学术论文 152 篇，出版专著（含教材） 20 本。
农村发展方向也是本学科的特色方向，本方向研究全国及北京市新农村建设、农民专业合作组织建设与农村社会保障等。近五年，本方向科研经费达 248 万元，获省部级科研成果奖 6 项，出版专著和教材 25 部，发表学术论文 96 篇。
农产品市场与贸易方向已在畜产品贸易、有机果品营销、农产品供应链管理等方面取得了丰硕的研究成果。获省部级科研成果奖 3 项，科研经费 161 万元，出版学术专著 14 部，发表学术论文 104 篇。
090706 园林植物与观赏园艺
园林植物与观赏园艺学科是北京农学院校级重点建设学科。该学科共有教师 31 人，其中教授 5 人，副教授 19 人，具有博士（后）学位 14 人。学历、职称、年龄等结构合理、师资雄厚、科研条件优越、设备先进齐全。先后完成科研项目 30 多项，获得国家级和省部级等奖 9 项，同时通过产学研相结合，完成各类规划设计项目累计产值 5000 多万元。出版专著 8 部，主编和副主编全国统编教材 9 部，函授教材 35 部，发表学术论文 260 余篇。目前承担国家“ 863 ”、“ 948 ”项目、国家自然科学基金、部市级项目共 26 项，总经费 580 多万元。
该学科现已形成三个明确的研究方向。其中，园林植物资源与育种研究方向已开展了百合、丁香、菊花、草坪草等资源的研究，某些研究领域在国内处于领先地位；园林植物栽培生理与生态方向先后承担完成了国家、省部、市部级的研究课题 16 项，多次获得各类奖励，取得了较大社会效益和经济效益；园林植物应用方向紧密结合社会主义新农村建设和北京都市型农业发展的要求，合理科学地将园林植物应用到 60 余项风景园林景观规划、设计与施工项目中，为北京新农村建设做出了重要贡献。
083203 农产品加工及贮藏工程
“农产品加工及贮藏工程”学科是北京市重点建设学科。目前，该学科有教授 4 人，副教授 11 人，高级实验师 1 人，留学回国人员及具有海外学习工作经历者 7 人。
该学科现有农产品加工工艺实验室、农产品贮藏与保鲜实验室、农产品品质分析实验室、食品安全微生物检测实验室、食品安全理化检测分析实验室、食品工程实验室、食品加工过程控制实验室等，仪器设备总值近 2000 万元，相关学科可利用仪器设备总值近 1000 万元。
该学科研究农产品产后衰老理论、品质劣变机理以及相关处理技术与综合保鲜措施等；研究农产品、动植物资源的加工理论、加工工艺及配套设备、工程技术等；研究农产品安全控制理论，研究和开发农产品中致病微生物、过敏原、抗生素和农药残留的检测技术和相关产品等。