高能物理所计算中心是以从事网格应用、高性能计算、海量数据存储与管理、网络安全以及数据库应用等研究的机构，同时承担着计算机和网络环境建设、管理、维护运行任务，有近三十名工作人员和二十名研究生在这里从事研究和技术支持工作。到2008年末，计算中心已建成拥有近2000个CPUs(cores)，800TB磁盘空间构成的高性能计算集群系统；万兆和千兆骨干网络覆盖整个高能所园区。
计算中心参与国际高能物理网格LCG (LHC Computing Grid)的研究与部署。目前在计算中心建立了以EGEE网格中间件为基础的LCG二级站点，为高能物理提供网格计算支持。计算中心同时是欧盟项目EUChinaGrid的成员单位，负责网格技术的研究以及在高能物理、天体物理以及生物医学领域的应用推广。
目前，计算中心开始建设新一代高能物理计算和网络平台，那将是一个具备4000个CPU的超级计算能力、超过5PB容量的海量存储能力、万兆骨干网络、和国际紧密合作的计算中心。