2007年8月16日，在上海合作组织比什凯克元首峰会上，俄罗斯时任总统普京倡议成立“上海合作组织大学”，得到各成员国的一致赞同。
上海合作组织大学的法律基础
上海合作组织大学多边合作的法律基础有三个层面：
一、政府层面，2006年6月15日在上海签订了《上海合作组织成员国政府间教育合作协定》；
二、政府教育主管部门层面，2008年10月23日在阿斯塔纳签订了《上海合作组织成员国教育部关于为成立上海合作组织大学采取进一步一致行动的意向书》；
三、学校层面，2010年4月26日在莫斯科签订了《哈萨克斯坦共和国、中华人民共和国、吉尔吉斯共和国、俄罗斯联邦和塔吉克斯坦共和国高等学校关于成立上海合作组织大学的合作备忘录》。
上海合作组织大学进展情况
2008年初，俄方提出组建上海合作组织大学的构想。构想的目标是组建一个成员国高校间的非实体合作网络，搭建合作平台，旨在加强成员国之间的教育合作与交流，促进成员国学生和人员流动。
该构想经上海合作组织成员国教育专家工作组会议讨论，于2008年10月提交上海合作组织成员国五方教育部长会议审议通过。
2009年上半年，成员国五方协商一致，共同确定区域学、生态学、能源学、IT技术和纳米技术等五个专业为优先合作方向，并按照基本的要求和标准遴选出了本国的项目院校，其中哈萨克10所、吉尔吉斯7所、中国10所、俄罗斯16所、塔吉克10所，共计53所。
2010年9月23日，第三次上海合作组织成员国教育部长会议通过，上海合作组织大学项目院校增至62所，其中哈萨克13所、吉尔吉斯8所、中国15所、俄罗斯16所、塔吉克10所。
中方的15所项目院校为：纳米技术—北京大学、清华大学、华中科技大学；生态学—兰州大学、山东大学、东北师范大学；IT-技术—吉林大学、长春理工大学；区域学—北京外国语大学、首都师范大学、新疆大学、黑龙江大学；能源学—华北电力大学、中国石油大学（北京）、哈尔滨工业大学。
为加强与各方项目院校的合作与联系，中方确定了本方各合作方向的牵头项目院校，并将其项目负责人、联络人姓名及其联系方式通报了成员国各方。中方其他项目院校的项目负责人、联络人姓名及其联系方式也已同时通报成员国各方。
成员国五方项目院校将按照协商一致的教学大纲和培养计划，联合培养成员国各国所需的高水平专业人才，为上海合作组织各领域的合作提供人力资源保障。目前，成员国五方决定，准备充分的项目院校首先在2010- 2011年度在硕士阶段招生，并按照各专业协商的教学计划和大纲进行教学。学生在硕士阶段第三学期按照两校间签署的合作协议到合作伙伴院校交流学习，毕业后获本校学位证书，同时上海合作组织大学颁发学习证明（标明学时、学分、学习地点等基本信息）。
2008年12月9日，首都师范大学和莫斯科国立语言大学共同举办了“上海合作组织成员国语言类高校教育合作互动前瞻：上海合作组织大学方案框架下共同教育计划的制定与实施”国际研讨会，提出了 “上海合作组织成员国高校语言与跨文化交际”创新教育计划。
2009年5月26日，“上海合作组织成员国第二届‘教育无国界’教育周及首届大学校长论坛”在莫斯科大学举行，期间中外有关项目院校在莫斯科语言大学签署了“上海合作组织成员国人文大学联盟”协议及章程。
2009年11月17日，中国教育部和俄罗斯教育科学部在北京联合召开了“上海合作组织大学中俄双方项目院校工作会议”，研究并通过了上海合作组织大学组建和运行的组织原则、学分学历认证、法律法规、财务制度、协调机制，并一致同意在上海合作组织各成员国内建立项目院校校长理事会。
2010年4月26日，“上海合作组织成员国第三届‘教育无国界’教育周”在莫斯科举行，各成员国项目院校代表签署了“上海合作组织大学多边教育合作创新机构”备忘录和纪要，协商了双边合作协议草案，确定了硕士研究生的培养方案、教学计划和相关课程设置，一致同意于2010年下半年率先启动“区域学”专业硕士研究生的招生程序。
2010年7月20日，“上海合作组织大学‘区域学’中方项目院校第一次工作会议”在新疆大学召开，就制定联合培养方案等一系列重要的技术问题达成了共识。
2010年9月23日，“上海合作组织大学：从一体化到创新发展”国际会议在俄罗斯联邦新西伯利亚市举行，中国教育部袁贵仁部长率中方项目院校20人代表团赴会，各国教育部长共同签署了“部长会议纪要”和“关于进一步共同行动成立上海合作组织大学的纪要”，发表了部长会议联合公报。
2010年11月10日，“中俄人文合作委员会教育合作分委会第十次会议”在北京举行，中国教育部副部长郝平和俄罗斯教育科学副部长罗巴诺夫就创建上海合作组织大学等议题达成一致意见。
2010年11月30日，为加强上海合作组织大学中方项目院校建设，教育部国际合作与交流司成立了“上海合作组织大学中方内部协调机制”秘书处，并下发了《上海合作组织大学中方内部协调机制秘书处组成的通知》（教外司欧亚[2010]1524号），要求秘书处即着手开展工作，各项目院校积极予以配合。
2010年12月17日，“上海合作组织大学‘生态学’中方项目院校第一次工作会议”在兰州大学召开，就制定联合培养方案等一系列重要的技术问题达成了共识。
2011年3月2日，“上海合作组织成员国教育专家会议”在上海合作组织秘书处（北京）召开，对《上海合作组织成员国间关于创建上海合作组织大学的协定》、《上海合作组织大学章程》、《硕士研究生联合培养方案的协调办法》、《上海合作组织大学学历证书附件》等一系列重要文件进行了讨论，并形成草案，提交各成员国项目院校征询意见。
2011年3月12日，上海合作组织大学中方内部协调机制秘书处向教育部国际合作与交流司提交了《中方项目院校2011年工作计划》，积极开展上海合作组织大学中方项目院校的各项工作。
2011年6月25日，“上海合作组织大学生态学中方项目院校第二次工作会议”在山东大学召开，兰州大学、山东大学和东北师范大学分别展示和介绍了各自的“生态学”硕士研究生培养方案，并就各项议题进行了广泛深入的交流和研讨，基本确定了三所项目院校在上海合作组织大学框架下设计和制定的“生态学”硕士研究生培养方案，通过了2012年招生计划和指标，成立了中方项目院校“生态学”工作组和专家组，在一系列重要问题上达成了共识。
2011年7月1日，“上海合作组织大学信息技术中方项目院校第一次工作会议”在吉林大学召开，会议研讨了吉林大学和长春理工大学在上海合作组织大学框架下设计和制定的“信息技术”硕士研究生培养方案草案，就其中的一些环节和问题进行了深入和广泛的交流，决定于2012年启动招生程序。
2011年7月11日，“上海合作组织大学区域学中方项目院校第二次工作会议”在首都师范大学召开，北京外国语大学、新疆大学、首都师范大学和黑龙江大学分别就“区域学”专业方向硕士研究生的招生和培养工作展开广泛和深入的探讨和交流，在一系列主要问题上达成了共识。
2011年9月23日，由中华人民共和国教育部主办、上海合作组织大学中方内部协调机制秘书处承办并作为2011欧亚经济论坛重要组成部分的“上海合作组织大学中外校长研讨会”在西安召开，出席会议的有俄罗斯联邦国务秘书、教育科学部副部长列莫连科、中华人民共和国教育部国际合作与交流司副司长于继海、俄罗斯教育科学部国际合作局副局长叶芙列莫娃等教育部官员、中国、俄罗斯、哈萨克斯坦和吉尔吉斯斯坦的上海合作组织大学项目院校的校长、副校长、各机构和院系领导、专家以及国内外其他高校近200位代表。列莫连科副部长、于继海副司长、叶芙列莫娃副局长分别致辞和讲话，莫斯科国立语言大学校长哈列耶娃、北京大学副校长李岩松、哈萨克斯坦民族大学副校长巴拉卡耶娃、兰州大学副校长景涛、新疆大学校长塔西甫拉提、圣彼得堡国立信息技术、机械与光学大学副校长科列斯尼科夫、东北师范大学副校长张绍杰、华中科技大学常务副校长林萍华根据本次会议的议题分别做了发言，介绍了本校上海合作组织大学建设工作的实际情况和经验，并就一些具体问题提出了建设性的意见和建议。隋然秘书长代表中方项目院校做了“上海合作组织大学：中方项目院校的协调和工作机制”的工作报告，详细介绍和展示了中方项目院校的协调机构和工作机制，通报了中方项目院校2011年的工作进展情况，并就上海合作组织大学中外项目院校双边协定、硕士研究生培养方案、互换学生程序及名额和教学语言及编班授课等问题提出了一揽子意见和建议。
2011年11月6-9日，作为上海合作组织成立10周年之际举行的一项大型国际社会及政治活动，第四届上海合作组织成员国“教育无国界”教育周在俄罗斯首都莫斯科隆重开幕，中国教育部派出以于继海副司长为团长、由上海合作组织大学中方15所项目院校代表组成的31人代表团与来自上海合作组织其他成员国47所项目院校的数百名代表共同参加了本届教育周。本届教育周最重要的成果是各成员国62所项目院校代表共同签署了《上海合作组织大学章程》，这标志着上海合作组织大学在法律基础上取得了重要的进展。在上海合作组织大学5个合作方向的分组讨论会上，各项目院校代表签署了会议纪要。就上海合作组织大学的工作开展及其运行的规范和法律基础的建立问题，本届教育周期间还召开了上海合作组织成员国教育合作专家工作组会议，并签署了会议的最终文件。
2012年1月6日，教育部国际司欧亚处与上合大学中方秘书处在北京召开了“2011年工作总结暨2012年工作计划研讨会”，于继海副司长在研讨会上阐述了中国与上海合作组织其他成员国开展教育合作的思路和布局，充分肯定了秘书处在2011年所完成的一系列工作，对秘书处的工作角色和作用给予了高度的评价，并对秘书处工作机制的进一步完善提出了要求；张晓东处长表示欧亚处将与秘书处密切协作，共同努力完成2012年工作计划；隋然秘书长总结了秘书处2011年的工作情况，介绍了2012年的工作计划，并对未来的工作进行了展望，提出了培养方案的科学性、教学计划的可行性、教学语言的顺畅、教学质量的监督和保障、专业和学科体系的形成、师资队伍的建设以及系列教材的规划和编写、教学科研单位的建立等一系列需要不断努力解决的问题。
根据《国家中长期教育改革和发展规划纲要》，中国要建成若干所达到或接近世界一流水平的大学和一批国际知名、有特色、高水平的高等学校，把中国建设成为人力资源强国，为创新型国家奠定坚实的人才基础。中国高等学校将在上海合作组织大学框架下积极参与地区性国际组织的教育合作，为实观这一目标而努力。
上海合作组织大学构想：组建目标和程序
上海合作组织大学的运作基于上海合作组织各成员国及观察员国现有的项目院校，为各成员国培养文化、科学、教育、经济等优先合作领域（能源学、生态学、机械制造、冶金、材料学、建筑学、交通、燃料动力学、历史学、语言学、IT技术）的高水平人才。根据上海合作组织成员国的需求，在上海合作组织大学发展的第一阶段确定以下联合培养方向：区域学、生态学、能源学、信息技术和纳米技术。今后，经上海合作组织成员国教育部门协商后，可增加其他培养方向，并商定专业数量。
上海合作组织大学培养模式
根据成员国各项目院校商定的联合培养方案培养高水平人才，包括：本科（学士）、硕士研究生、副博士及博士研究生，并开设进修班、培训班；开展各个层次的学生、教师、科研和行政管理人员的交流活动；联合开展科学研究，联合举办国际研讨会、学术会议、学术专题研讨会等活动。
上海合作组织大学学生可以在任意学期进入国外同类项目院校继续自己的学业，招生比例每年由各成员国协商确定。完成学业后，学生获得初始录取院校颁发的毕业证书及学位证书，或获得度过大部分（不少于60%）学习时间并取得相应学分的院校颁发的毕业证书及学位证书，同时获得上海合作组织大学颁发的学历证书。
上海合作组织大学管理体系
1.成立由各成员国教育主管部门领导组成的协调委员会，实行轮值主席制，负责协调上海合作组织大学与各教育部、上海合作组织相关机构的联络工作，负责为上海合作组织大学提供法律保障等方面的建议。
2.成立监察委员会，由上海合作组织成员国的社会各界代表组成，旨在树立上海合作组织大学在上海合作组织成员国和世界各国教育界的良好形象，吸引商业机构参与共同培养人才，协助毕业生就业，吸纳用于上海合作组织大学发展的资金，拓展上海合作组织大学在各国有和非国有机构、基金会和组织中的利益。
3.成立上海合作组织大学校长办公室（秘书处），由上海合作组织大学相关项目院校构成，负责上海合作组织大学的日常管理工作，包括：信息收集分析工作、法律保障和财务管理工作、日常管理和起草文件。
4.成立各培养方向的专家委员会，由上海合作组织大学项目院校各方全权代表审议决定，并签署协议予以确认，负责协助搞好各培养方向的教学和科研工作。
上海合作组织大学预算经费的可能来源
1.上海合作组织成员国的经费或专项经费。
2.上海合作组织大学项目院校的经费。
3.上海合作组织各成员国所交费用。
4.计划外学生学费。
5.其他来源。
上海合作组织大学的目标
建立有效的国际一体化教育合作平台及上海合作组织成员国和国际教育界认可的上海合作组织大学教育文凭互认和对等机制，与欧洲“博洛尼亚进程”接轨。