中国农业科学院农业资源与农业区划研究所于2003年5月由中国农业科学院土壤肥料研究所（成立于1957年8月）与农业自然资源和农业区划研究所（成立于1979年2月）整合组建而成。是以土壤肥料、农业资源利用和区域发展为主导的国家级公益性综合研究机构。
截止2012年4月，全所在职职工309人，其中高级职称研究人员138人，研究人员中59%具有博士学位，研究生导师92名。
作为国家级农业资源与环境研究中心，研究所以服务于国家经济建设、农业发展和农民增收为主要目标，以承担国家、国际合作研究项目，为本领域培养人才为主要任务，面向全国研究探索农业资源环境领域中的理论与方法、农业发展战略、区域布局与结构调整、农业生产实用技术等问题，培养农业高级人才。
根据国家战略需求与学科发展规划，研究所围绕植物营养与肥料、农业遥感、区域农业发展与生态环境建设、现代土壤学和农业微生物资源与利用5大重点学科领域，组建了5支院级科技创新团队。为促进院级创新团队健康成长与可持续发展，在院级创新团队内依据优势研究方向，组建了植物营养、肥料、农业遥感、土壤、农业微生物、农业水资源、现代耕作制、农业生态与环境、草地科学、农业资源管理、农业区域发展、食用菌和农情信息等13个所级学科团队（研究室）。
研究所现有1个国家工程实验室（土壤肥料资源高效利用国家工程实验室），2个农业部重点开放实验室（“作物营养与施肥”和“资源遥感与数字农业”重点开放实验室），1个中国农业科学院重点实验室（土壤质量研究重点实验室），设有“国家化肥质量监督检验中心”、“农业部微生物肥料和食用菌菌种质量监督检验测试中心”和“中国农业微生物菌种保藏管理中心”，建有实验站（基地）9个、试验协作网3个，是国家发改委甲级农业工程咨询资质单位，全国农业资源区划资料库管理单位，全国农业资源信息中心和国土资源农业利用研究中心的依托单位，也是国家遥感中心农业应用部、农业部遥感应用中心研究部、中国农业科学院农业知识产权中心、中国植物营养与肥料学会和中国农业资源与区划学会的挂靠单位。研究所编辑出版《植物营养与肥料学报》、《中国土壤与肥料》、《中国农业资源与区划》、《中国农业信息》和《农业科研经济管理》等学术刊物。
研究所设有农业资源利用学科博士后流动站，是农业资源利用一级学科博士培养单位，拥有生物化学与分子生物学、生物物理学、作物生态学、植物营养、土壤学、农业水资源利用、农业区域发展、农业遥感、草地资源利用、农业微生物学等10个博士学位授权点；硕士学位培养点有微生物学、生物化学与分子生物学、生物物理学、生态学、环境科学、作物栽培学与耕作学、植物营养学、土壤学、农业水资源利用、农业遥感、农业区域发展、农业经济管理、农业资源与环境经济学、农业经营管理等14个专业。培养研究生的学科专业覆盖农、理、工、管理学等四大门类。
研究所在植物营养、土壤、肥料、农业微生物资源保藏与利用、农业遥感应用、农业结构调整与区域发展、资源环境、食用菌等方面具有强大的研究实力和技术优势，拥有我国长期农田土壤肥力质量监测基地和农业综合信息数据平台，包括覆盖全国的中、高精度数字化农田土壤肥力空间数据库和大比例尺的土地利用、气候、地形、农村经济和遥感图像信息。在土壤改良、施肥技术和粮食供求等方面拥有多项国家级科技成果，其中国家重大科技成果奖1项，国家创造发明一等奖1项，全国科学大会奖8项，国家科技进步奖15项，省部级奖147项，获发明专利50项。成果的应用率达80％以上，在国民经济中发挥了重要作用。