清华大学哲学系始建于1926年，是中国大学最早建立的哲学系之一，由著名哲学家金岳霖、冯友兰等人创建，被视为20世纪前期“清华学派”的主干之一。本系任教的著名学者有金岳霖、冯友兰、张申府、邓以蛰、沈有鼎、林宰平、贺麟、潘怀素、张岱年、任华、周辅成等人。1952 年院校调整以后，清华大学撤销了文科，哲学系教师并入北京大学哲学系和中国社会科学院哲学所。在清华大学建设综合性、研究型、开放式大学的新的进程中，清华大学哲学系于2000年5月正式复建。
与校内原有哲学研究机构密切配合，哲学系在“十五”期间，承担了马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、伦理学、逻辑学、宗教学、美学等专业的发展重任。自复建以来，与校内原有哲学研究机构密切配合，在学校的大力支持下，哲学系全体同仁精诚团结、齐心合力、艰苦奋斗，截至2005年完成了从哲学本科到哲学一级学科博士点、哲学博士后流动站的完备体系建设，而且在教学和科研两个方面均实现了跨越式发展。2003年开始正式招收哲学专业本科生；在2003年的全国学科评估中，伦理学专业排位第三；在2004年“985”二期国家重大创新基地的申报中，同中文、历史和外语系一起成功申报“中华文明与文化研究国家创新基地”重大项目。
哲学系复建之初即组织实施“ 三一学术工程 ”（“清华哲学研究系列”、“清华哲学教材系列”、“清华哲学翻译系列”、《清华哲学年鉴》），并集中力量在应用伦理学、西方古典哲学等方面寻求优先突破，取得明显成效。迄今为止，本学科共承担教育部哲学社会科学研究重大课题攻关项目，国家哲学社会科学基金项目15项（其中重点项目2项），国家自然科学基金项目3项，市部级项目16项，校级项目15 项，院级项目18项，总经费近600万元人民币。
经过多年来的人才引进和校内调整，哲学系现有教师21人(含外藉教师 1人)，其中教授17人(13人为博士生导师)，副教授4人，80% 的教师具有博士学位；分布在马哲、伦理学、外哲、中哲、逻辑、宗教学、美学等各个专业领域。
哲学系的教师年富力强，处于教学科研的最优工作期；学术队伍团结而富有朝气，年龄结构和知识结构较为合理，知识背景和学术层次较高(大多数教师都有国外访学、讲学经验；有国际知名大学博士学位)； 科研项目层次高、数量多(人均居全国高校哲学系之首)， 科研成果多、质量好、有具有海内外学术影响的标志性成果；课程设置科学合理， 人才培养呈现良好发展态势。古老而又年轻的哲学系正以崭新的姿态行进在新世纪中国与世界哲学发展的大道上，将以开放而又热情的态度欢迎一切有志于哲学的新生力量加入！
哲学系现任系主任卢风教授，副主任黄裕生教授、刘奋荣副教授，系党支部书记邹广文教授。