基础医学院的前身是1954年9月14日成立的北京医学院基础医学部（简称基础部）。1960年2月改称基础医学系。1985年5月成立北京医科大学后，正式更名为基础医学院。2000年4月北京大学与北京医科大学合并后，更名为北京大学基础医学院至今。
学院现设13个系、2个研究所及1个医学实验教学中心。拥有“生物学”和“基础医学”2个博士学位授权的一级学科（涵盖12个二级学科）、拥有1个“中西 医结合基础”二级学科、7个国家重点二级学科、1个北京市重点一级学科、2个博士后流动站、4个省（部）级重点实验室，拥有一些国际先进水平的科研基地和 实验技术平台。
学院以师资力量雄厚、治学严谨著称，拥有一批国内外著名的专家学者。学院现有教职工407人，其中教授69人、副教授75人；具有博士学位者170人，硕 士学位者62人。其中中国科学院院士4人；工程院院士1人；“长江计划特聘教授”6人；国家杰出青年基金获得者7人；获得“国务院政府特殊津贴”13人； 获“国家人事部有突出贡献的中青年专家”称号4人；获“卫生部有突出贡献的中青年专家”称号5人；教育部跨世纪优秀人才2人；教育部新世纪优秀人才14 人；博士生导师61人。
学院现有本科生1118人，学院招收基础医学和医学实验学两个专业的本科学生，并管理临床医学、口腔医学、医学检验学、口腔修复技术四个专业的学生基础学 习阶段。从2001年起基础医学专业改为八年制本博连读（Ph.D）学制，旨在培养德智体全面发展的基础医学各学科师资和高层次科学研究人才。医学实验学 专业为四年制本科，培养具有生物医学基础理论知识和熟练掌握医学基本实验技能、具有从事高级医学实验技术工作基础的医学实验技术应用型人才。在读研究生 601人，其中博士生349人，硕士生252人。近年来有7篇博士生论文被评为全国优秀博士生论文。学院培养的学生以学风严谨，实践综合能力强，开拓创 新、潜力大等优点受到国内、外教育和科研部门的赞誉。许多毕业生已成为国内外生物医学学科的学术带头人或学术骨干。
在教学方面，基础医学院承担医学部基础医学、临床医学、口腔医学、预防医学、药学、护理学、医学英语、医学实验学、医学检验学等本、专科专业的基础医学课程教学。每年完成3000余名学生的30余门必修课、10余门选修课的多轨道、多层次教学任务。
学院现有国家级精品课程9门，北京市级精品课程10门；2005年和2009年分别有两项教学成果和一项教学成果获国家级教学成果二等奖、北京市一等 奖；2010年学院被评为”北京市模范集体；2006年和2008年生物医学实验教学中心分别被评为“北京市高等学校实验教学示范中心”和“国家级高等学 校实验教学示范中心”； 2007年、2008年和2010年病理学、免疫学及人体解剖学分别被评为“教育部双语教学示范课程”；2007年和2010年“生理学科创新人才培养教 学团队”被评为北京市优秀教学团队及国家级教学团队，2009年“生物化学与分子生物学学科创新人才培养教学团队” 被评为北京市级优秀教学团队及国家级教学团队； 2008年“基础医学”专业被评为北京市特色专业；有5人获北京市教学名师奖,2011年有1人获宝钢教育基金会优秀教师特等奖。
在科研方面，学院主要从事生物医学领域的基础及应用基础研究，拥有雄厚的科学研究综合实力。2000年-2011年获得各类科技成果奖103项。其中国家 自然科学奖2项、部委和北京市科技进步奖29项、国家及国际发明专利50项、其他科技成果奖36项；2005年-2011年发表科研论文2218 篇，SCI收录刊物发表论文1179篇，包括《Cell》、《Nature》、《Nature Cell Biology》和《Nature Neuroscience》等。2005年-2011年承担各类科研课题（科技项目）757项，共获科研经费约53887万元。其中承担“973和国家重 大科学研究计划”项目28项，资助经费合计8746万元；承担“863计划”项目15项，批准经费合计5487万元；承担“国家科技重大专项”课题8项， 资助经费合计5523万元；获得国家自然科学基金项目224项，资助经费合计15677万元；获得教育部科学基金项目115项，资助经费合计3790万 元；获得北京市科技项目65项，资助经费合计1998万元。
学院近年来逐渐加强生物技术和医药产品的研究开发及与国内外大型医药企业的合作，在科技开发工作中也取得一些重大进 展。在基因工程药物、肿瘤的免疫治疗、自身免疫病治疗、心血管疾病的基因治疗、干细胞治疗神经系统退行性疾病和角膜疾病、诊断试剂研制等领域，一批新开发 项目已取得动物实验或临床试用的良好效果，具有很好的应用前景。
学院还十分重视国际间的交流与合作，注重借鉴世界先进的医学研究成果和教学经验，不断提高自身整体办学水平。已与几十所世界一流医学院校和科研机构开展了项目合作研究、人员交流、合作举办国际会议等多种形式的合作交流，建立了广泛的深层次联系。
历经50年的发展历程，现在的北京大学基础医学院已成为国内著名的、以发展多层次基础医学教育、研究人类生命科学和防治疾病的基础理论为主要目标的教学科研中心之一，是国家基础医学领域高级专门人才的培训基地之一。