南通大学从2015年入学的研究生开始实行收费制度。南通大学将按照国家规定收取学费，学术型每生8000元/年、专业型每生10000元/年（招生简章 专业目录 参考书目 联系方式）
另外，南通大学向全国研究生招生计划内的，有中国人民共和国国籍的全日制硕士生（有固定工资收入的除外，档案不到学校者视为有固定收入）发放6000元/年的国家助学金。在修业年限内符合条件的研究生，可参评国家奖学金、学业奖学金和学校、院系为研究生设置的奖助学金。学校、院系和导师为研究生设置“助教”、“助管”和“助研”岗位（统称为“三助”岗位），承担“三助”岗位的研究生，可以获得相应的岗位津贴。
从研究生招生报名查询系统了解到，南通大学研究生实行住宿收费制，2015年录取的硕士生学校住宿收费标准上限为1200元/学期？人，2015年住宿费标准将在发放录取通知书时说明。因学校学生宿舍资源紧张，院系计划外名额招收的硕士生和定向就业类别（不转档案）硕士生原则上不安排学生宿舍住宿。