首先，培养方向不同
学术型硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位;专业型硕士是国家为了克服学术型硕士的不足新增的一种新硕士，培养的是现在市场紧缺的应用型人才。
其次，招生条件不同
学术型硕士则不需要报考者有一定年限的工作经历。国家09年新增的一月份统考的全日制专业型硕士并不要求工作经验，招生条件跟原来的学术型硕士一样，应届生可以报考。
第三，招生考试不同
学术型硕士的招生考试只有年初的“统考”，而统考以外的专业考试则由各招生单位自行命题、阅卷。专业硕士的招生考试有10月份的“联考”和年初的“统考”两次机会，考生可以自行选择，而这两大国家级别的考试的专业考试，也由各招生单位自行命题、阅卷。GCT在职硕士是参加10月份的联考，全日制专业硕士跟原来全日制学术型硕士考试时间一样，都是每年一月份初试。
第四，入学难度不同
学术型硕士的全国硕士研究生入学统一考试(统考)完全是严进宽出的代表。据了解，一些名校热门专业的录取比例甚至为70：1。而一些二流学校的冷门专业却年年招不满。因此，入学难度取决于考生报考的学校和专业。专业硕士的招生考试有10月份的“联考”和年初的“统考”两次机会，考生可自行选择。这两大国家级别考试的专业考试，是由各招生单位自行命题、阅卷。不同专业的入学难度各不相同，热门专业相对难一些。此外，“联考”和“统考”的难度也不一样，由于“统考”考生远多于“联考”考生，考试竞争激烈程度自然也大。不过，“联考”的考试虽容易，但录取时更看重申请者的工作背景和经验。