尽管交通工程和交通运输乍看起来都与交通有关，学习的也都是关于交通的知识，两者的课程设置和就业方向也有很多重叠之处，但细细品来，它们还是有很大的差别。这有点像工商管理和工程管理两个专业，虽然都与管理有关，但涉及的领域却不尽相同，具体情况大家结合自身状况具体分析，选择合适自己的。
交通工程专业是研究交通规律及其应用的技术科学，内容包括交通规划、交通设施、交通运营管理等，研究对象为驾驶员、行人、车辆、道路和交通环境等，目的在于探讨如何使交通运输更加安全、迅速、舒适、经济。道路交通包括公路运输和城市交通两个主要部分，交通工程专业则涉及道路交通的各个方面，从道路交通的产生到形成，从道路设施的设计到科学系统地管理与控制，以至于交通事故的防治与处理等也是交通工程专业同学需掌握的知识。
而交通运输专业则以交通运输系统及现代物流理论为基础，其主干学科为运筹学、管理学和交通运输组织学。本专业同学能运用运输技术设备，组织运输生产，提高运输效能。交通运输专业在不同的院校其培养方向有所不同。在北京交通大学，它侧重于铁路运输管理；而在大连海事大学，则侧重于航道和船舶运输管理。
交通工程专业毕业生一般从事交通工程项目的管理与设计、城市交通的规划、区域交通的规划等工作，就业领域为公路交通和城市交通两方面，目前的公路建设及城市建设正急需相关人才。
交通运输专业毕业生多在大中型的工程局、勘探测量设计院等单位工作。本专业毕业生得做好吃苦的准备，要能应付工作流动性带给自己的不便。更重要的一点是把握好国家的政策脉搏，注意国家政策的调整方向。