河海大学是全国首批学位教育改革试点单位，专业硕士研究生按“1+1”模式进行培养，即一年级在学校学习理论知识，二年级到企事业单位参加工程实践，目前按此模式培养的专业硕士研究生在校规模已达千人。学校与100多家水流域管理机构、科研院所、设计施工单位共建了专业硕士研究生培养基地，聘请了千余名理论功底深厚、实践经验丰富的基地高级专家担任专业硕士研究生导师，二年级学生到培养基地后在学校和基地“双导师”的指导下顶岗实践，深度参与工程项目的规划、设计与建设。在长江基地，参与了流域水资源综合规划、水利水电枢纽防洪规划、梯级水电站建设等重大规划项目；在黄河基地，参与了南水北调西线工程等重大设计项目；在西南基地，参与了世界第一高坝、第一高心墙坝、第一高拱坝、第一高面板堆石坝等重大工程建设。
这种“接地气”的培养方式，使专业硕士研究生的专业素质和工程能力得到明显提升，这从毕业论文内容上就可以看得出来，近3年，河海大学专业硕士研究生毕业论文选题方向中，工程规划、勘测、设计、施工、项目管理、产品研发等内容占到九成。同时，经过一年顶岗实践，专业硕士研究生们不仅提高了创新思维和动手能力，也加深了与基地单位的感情，增强了团队精神，更加了解和适应基层，在人才市场上很受用人单位欢迎，已毕业的三届专业硕士研究生当年就业率均达100%，其中有三成留在基地就业，取得了学校、基地、学生“三赢”的成效。