经过几十年的发展，学校逐步形成了特色鲜明的学科建设体系，即以人文社会科学为主体，以民族学科为特色，涵盖哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学等学科门类。其中民族学、中国少数民族史、人类学、宗教学、中国少数民族语言文学、中国少数民族经济、马克思主义民族理论与政策、中国少数民族艺术、中国少数民族教育等专业有较强教学和科学研究实力，在国内外有较大影响。目前，学校重点学科建设情况如下：
2个国家级重点学科：民族学和中国少数民族语言文学;
9个省部级重点学科：民族学、中国少数民族语言文学、专门史、马克思主义民族理论与政策、中国少数民族艺术、中国少数民族经济、宗教学、生态学、语言学及应用语言学;
2个国家文科基础学科人才培养和科学研究基地：历史学和中国少数民族语言文学;
1个教育部人文社会科学重点研究基地：中国少数民族研究中心
3个国家985工程哲学社会科学创新基地：中国当代民族问题战略研究哲学社会科学创新基地、中国少数民族语言文化教育与边疆史地研究哲学社会科学创新基地、中国民族地区社会经济与公共管理研究哲学社会科学创新基地