北京科学与工程计算研究院(英文名称：Beijing Institute for Scientific and Engineering Computing，简称：BJC-SEC)，是经2014年3月25日十届88次校党委常委扩大会议研究决定正式成立的。
我院由北京市战略科学家、国际著名数学家、欧洲科学院院士Peter Deuflhard(杜甫哈特)教授领衔，并原则通过北京科学与工程计算研究院建设方案。北京科学与工程计算研究院是在新形势下面向国际前沿、推进学科交叉、探索体制机制创新的一个新型教学科研机构。具有独立法人资格、设立独立治理结构，采用理事会领导下的院长负责制。
我院的主要职责是面向国家和北京市经济社会发展的重大需求，围绕交通、环境、医疗、生物、信息、航空航天等相关领域的重大实际问题，与我校优势学科协同创新，推动学科交叉，开展科学与工程计算等数学领域的学科建设、科学研究及服务社会工作，推动首都区域相关产业发展;创新人才培养模式，承担数学及相关领域的国际化、高层次人才培养工作。
研究院依托于北京工业大学，下设若干个研究所。研究院固定编制60人，其中事业编制管理人员(也可由研究人员兼任)3人。每个研究所由所长或副所长负责领导，理事会成员可兼任所长(或副所长)。理事会是研究院的决策机构，在运行机制上实行独立法人与院长最终负责制。设立行政办公室1个。在启动阶段，研究院只有部分全职科研人员。由1名协调人(Coordinator)来管理研究院的日常事务，并向理事会成员汇报所有科研和教育方面相关事宜。在没有理事会成员(研究院法人代表除外)全职在北京工业大学工作的情况下，理事长由研究院创始院长担任。