南京大学的前身系中央大学和金陵大学，为中国最早进行研究生教育的大学之一。目前全校共有博士后流动站28个、博士学位授权一级学科40个、博士学位授权二级学科点（不含一级学科覆盖点）3个、专业博士学位授权点1个、硕士学位授权一级学科18个、硕士学位授权二级学科点（不含一级学科覆盖点）9个、专业学位授权点21个。查字典查字典考研网对南京大学各院系硕士导师介绍已做整理，现汇总如下：
| 数学系 | 哲学系 | 法学院 | 医学院 |
| 文学院 | 物理学院 | 软件学院 | 环境学院 |
| 化学化工学院 | 社会学院 | 历史学系 | 美术研究院 |
| 商学院（一） | 商学院（二） | 教育研究院 | 外国语学院 |
| 政府管理学院 | 大气科学学院 | 信息管理学院 | 生命科学院 |
| 新闻传播学院 | 工程管理学院 | 国际关系研究院 | 体育科学研究所 |
| 文化艺术教育中心 | 计算机科学与技术系 | 地球科学与工程学院 | 地理与海洋科学学院 |
| 电子科学与工程学院 | 建筑与城市规划学院 | 天文与空间科学学院 | 模式动物研究所 |