重点实验室
中国科学院寒区旱区环境与工程研究所现有：
一、冰冻圈与环境联合重点实验室
二、冻土工程国家重点实验室
三、沙漠与沙漠化重点实验室
我所以探索寒区旱区陆地表层系统过程，尺度，格局及其相互关系为基础，开展环境与全球变化及区域可持续发展研究。立足西部，瞄准国际科技前沿，综合学科优势，开展高水平的资源环境基础研究。
我所还有试验观测系统：
一、沙坡头沙漠试验研究站
二、黑河流域综合观测研究站]
三、天山冰川观测试验站
四、奈曼沙漠化研究站
五、平凉雷电和雹暴观测试验站
六、青藏高原冰冻圈综合观测研究站
七、皋兰生态与农业综合实验站
八、阿拉善荒漠生态—水文试验研究站
九、玉龙雪山冰川与环境观测研究站
以上9个野外站是进行野外试验、动态监测、数据积累、国际合作、人才培养的重要基地。
重点学科
中国科学院寒区旱区环境与工程研究所现有：
一、冰冻圈与全球变化研究室
冰冻圈与环境联合重点实验室是该方向领域的核心研究实体,该实验室立足青藏高原,同时开展南极和北极的冰雪研究,以“三极”冰芯气候环境记录的对比、雪冰现代过程、冰川（冰盖）变化及其资源环境效应为主要研究内容，以冰川、积雪和冻土等寒区介质为研究对象，监测、研究冰冻圈的动态变化过程与规律，揭示冰冻圈与其它圈层之间的相互关系；尤其是以冰芯等为主要手段，重建过去不同时间尺度的气候环境变化序列，揭示气候环境演化的规律，以预测其未来变化趋势；研究我国冰川资源动态变化，为西部地区的经济建设和社会发展提供决策依据。
二、冻土与寒区工程研究室
冻土工程国家重点实验室是该领域的核心研究实体，该方向瞄准国家战略需求，针对国家西部大开发中标志性工程——青藏铁路、西气东输等重大工程。主要研究土、岩等介质在冻融过程及相关的力学、物理、化学和生物过程中的特性和模式，并解决冻土工程国家重点实验室是目前国际冻土学领域中的重要实验室，总规模为3864平方米，是目前国内冻土研究的最大实验室。
三、沙漠与沙漠化研究室
该研究以沙漠与沙漠化重点实验室为依托，将沙漠与沙漠化研究定位在风沙物理与土壤风蚀、沙漠化过程、沙漠化治理三个方面.以干旱、半干旱和部分半湿润地区的风沙活动为研究对象，研究风沙运动的物理学机制、土地沙漠化过程及其对全球变化的响应与反馈，为干旱和半干旱环境和社会的可待续发展提供了理论和技术保证。
四、高原大气物理研究室
该研究室以气候环境动力学和大气电学为主攻方向，并强化西北干旱气候变化及干旱环境动力学、雷电物理、青藏高原能量水循环、中小尺度对流性天气系统等相关的基础理论研究；在应用研究方面，开展具有我国西部地域特色的各类时空尺度气象灾害（干旱、冰雹、沙尘暴、雷害、雪灾）的形成原因、预测方法和防治技术研究，为我国西部经济和社会发展做贡献。
五、水土资源研究室
该研究室以内陆河为主要研究对象，以流域为研究单元，通过寒旱区水文、生态水文及其相关的环境变化过程研究，不断充实和完善我国西部水科学研究的理论基础。通过寒旱区水资源持续利用、水土资源优化配置和土地覆盖变化及其与人类活动相互作用关系的研究，提高和发展我国西部水——生态——经济系统综合管理的科学支撑水平。
六、生态与农业研究室
该研究室针对国家加快中西部经济发燕尾服和环境建设中面临的重大生态学问题，开展脆弱生态系统工程的恢复与重建、极端环境植物生理生态、绿洲农业、生态经济与可持续发展等方面的研究，为我国西部及北方农牧交错带生态环境建设与绿洲生态安全提供理论依据和技术支撑。
七、遥感与地理信息科学研究室
该研究室以遥感基础研究、遥感与GIS的应用，科学数据服务为主要研究对象，重点以干旱区与寒区生态遥感、荒漠化遥感、冰雪遥感、陆面数据同化、干旱区内陆河流域的数字集成和流域管理决策模式，以及遥感和GIS技术在水资源和水文模拟中的应用为主要研究方向。