区域经济学
本专业以云南要学云南省地理所为依托，在对云南省近30年的科研实践和成果积累中以及与国际组织长期的合作过程中，逐渐形成一些特色领域，主要的与东南亚的次区域经济合作、多元文化下的区域发展、山区经济和农村发展、区域资源可持续利用和管理四个方向。教学设施先进，野外调查设备齐全，设有3S(遥感、地理信息系统和地球定位系统)实验室。毕业生适应在经济学和地理学从事教学和科研工作,在企业和咨讯业创业,在新闻媒体从事相关领域的宣传报道,在各地政府部门、非政府部门和事业单位从事管理工作。
自然地理
本学位点有GIS、数字地球与遥感两个实验室，有一支精干且学术水平高的队伍。主要研究地球表层自然环境系统与综合自然地理过程的演化规律；重点方向是开展山地环境分析、评价和山地灾害成因机制、预报预测、减灾对策研究，国际河流水资源的合理利用、协调管理，资源利用与环境关系等。
人文地理
本专业以应用基础和应用研究为主，具有区域经济、区域管理、区域开发等方面的理论和实践研究优势，设有区域经济与区域发展管理、区域开发与理论、资源环境文化与区域发展4个研究方向；师资力量强，有30名专业教师，其中，教授、副教授22名；研究经费充足，目前，在研的各类科研项目达20多项。毕业生就业有政府机构、非政府机构、攻读多个方向的博士学位、教学科研单位、公司、企业、银行等多种选择。
地图学与地理信息系统
本专业目前有4个主要研究方向：山地人口资源环境地理信息系统的集成与应用，遥感技术方法与应用，数字区域与数学城市空间信息系统，高原山生态信息系统。着重考虑和解决高原山地区域人口发展、资源开发与保护、环境变化监测等综合问题，深入探讨用3S等高新技术在低纬高原、多山、相对高差悬殊大、环境复杂、生物多样与民族多样和文化多样地区有效的应用途径和方法。设有数字地球与遥感实验室，有一支精干且学术水平高的队伍。
气象学
本专业设有大气环流数值模拟实验室、灾害研究中心、VSAT卫星地面接收站、MODIS卫星数据接受系统、东南亚气候与环境研究中心。主要有气候变化与热带季风、山地气候与山地灾害、气候诊断与旱涝预测、大气臭氧与气候变化四个方向。
大气物理学与大气环境
本专业设有大气物理与大气环境实验室、大气臭氧观测站、VSAT卫星地面接收站、MODIS卫星数据接受系统、东南亚气候与环境研究中心。主要有大气臭氧与气候变化、紫外辐射及其生态效应、大气气溶胶辐射气候效应三个研究方向。
固体地球物理
固体地物理学硕士学位授权专业由云南大学资源环境与地球科学学院地球物理系与云南省地震局合办。该专业现有教授4人，副教授2人，博士2人。建有地震实验室、地磁与地电实验室、重力实验室、超声模拟实验室。主要研究地震波的传播理论、地球壳幔结构、地球内部物理、地震活动性、地球电磁学等。承担国家自然科学基金项目及云南省自然科学基金项目多项。
土地资源管理
本专业主要研究土地资源、土地资产、土地利用、土地规则、土地保护、土地产权、流域土地管理以及由土地所引起的人地关系等。目前设有土地利用规划与管理、土地覆被变化与土地信息技术、流域管理、土地生产潜力与土地持续利用4个研究方向，设有3S（遥感、地理信息系统和地球定位系统）实验室。毕业生就业去向主要有国土、城建、农业、房地产等部门以及教学科研单位。