学院着眼武警部队职责使命和遂行多样化任务需要，形成了紧贴部队、布局合理、结构优化、特色鲜明的学科专业体系。军事预防医学是“十一五”军队“2110工程”重点建设学科，军事预防医学、内科学、生物化学与分子生物学、药物化学、人体解剖与组织胚胎学等5个学科是武警部队重点学科，军事预防与防护医学、后方专业勤务和应急医学救援培训基地已列入“十二五”军队“2110工程”重点建设。现拥有天津市职业与环境危害防制重点实验室及武警部队心血管病研究所、脑创伤与神经疾病研究所、健康教育指导中心等15个武警部队研究所和医学专科中心。
公共卫生与预防医学学科是学院立项建设授权学科，形成了劳动卫生与环境卫生学、流行病与卫生统计学、军事预防医学、营区卫生与健康促进等4个成熟稳定的学科方向。
临床医学学科是学院立项建设授权学科，形成了内科学、外科学、神经病学和妇产科学4个造诣深厚的学科方向。
药学学科是学院立项建设支撑学科，形成了生药学、药物化学、药剂学、药理学等4个成熟稳定的学科方向。
生物学学科是学院立项建设支撑学科，形成了生物化学与分子生物学、细胞生物学、生理学、遗传学等4个成熟稳定的学科方向。