生物化学与分子生物学学科方向：自从重组DNA技术问世以来，生物技术以前所未有的速度迅猛发展，微生物以其生长速度、培养方法简单、安全易控制等特点使微生物生物技术成为现代生物技术的先导和基础，对经济发展、人民生活、国防建设均产生重大影响，微生物生物技术在商业上的巨大机遇也刺激和促进整个生命科学的发展。微生物所在这一领域的研究主要以国家目标和市场需求为导向，围绕与传统工业微生物产业的高新技术改造、粮食的高值化、微生物农药和肥料、环境保护、污染环境的微生物整治、环保产品的研究开发、微生物能源、细胞免疫学、重要致病菌的分子致病机理等有关方面展开。以微生物分子育种的新技术新方法，全面更新我所的传统微生物生物技术，内容涉及重要工业酶和代谢途径关键酶基因表达调控与基因结构的研究、新基因表达系统的研究、重要工业微生物产品代谢工程研究等。
生物化学与分子生物学专业研究主要方向包括：应用微生物的分子生物学、微生物多糖的合成与功能、分子免疫与分子病毒学、病原与宿主的相互作用、微生物代谢调控、极端环境微生物遗传机制、细胞周期调控的分子机制、EGFR与细胞自噬、微生物药物、微生物次生代谢产物的结构与功能研究、糖化学。