生物工程学科方向：微生物所长期以来和企业密切合作，为我国国民经济经济的建设与发展做出了重要贡献。在应用研究方面，在二步发酵法生产维生素C新工艺、纤维素酶、糖化酶以及其它酶制剂研究、石油发酵生产长链二元酸、谷氨酸和其它有机酸的发酵生产、烟草花叶病毒核酸和外壳体外酶促合成以及马铃薯退化病的防治研究等方面取得了重要成果。近年来，又获得了长链二元酸、乳链菌肽、低聚糖、食药用真菌、生物降解塑料、氨基酸、转基因植物等多项成果，并通过技术转让获得了巨大的经济效益，其中，前三项成果分别获得了国家科技进步二等奖和国家技术发明二等奖。生物工程领域硕士研究生教育的开展，将为社会培养一大批生命产业应用型、复合型高层次工程技术人才，对生命科学的可持续发展提供强大的人才保障。
生物工程领域主要研究方向包括：污染突然生物修复工程，极端酶工程，重要丝状真菌的代谢工程，抗植物细菌病害基因工程，发酵工程，汉逊酵母源蛋白工程，酶的克隆表达及定向进化，多杀菌素的产量提高，蛋白质药物工艺设计以及疫苗工程等。