专门史专业是历史学硕士学位和博士学位授予点。专门史专业的研究方向主要有（1）中国边疆民族史方向，含中亚史、蒙古史、西域文化、边疆民族理论等分支。主要研究中国历史上的疆域沿革与民族变迁史，侧重历代对边疆民族区域的施政，内地与边疆关系、疆域变动与边疆民族兴衰关系的研究；（2）中国社会史研究方向，主要致力于探究打通中国近代思想与政治社会的解释途径。在系统阐述西方后现代主义思潮的基础上，对利用后现代方法研究中国历史的若干著作进行评价和讨论；（3）中国法律文化史方向，主要研究中国传统法律制度，考镜源流，探讨制度背后的文化精神；（4）中国古代思想史方向，主要以一个世纪以来的考古发现为基点，将先秦史研究与国家形成及统治机能不断演进、思想文化形成的枢纽期探索相结合，推进先秦史历史内涵的挖掘和研究深度。
历史学专门史方向的课程主要有：中国边疆民族史研究、中国边疆考古学、后现代主义思潮与当代史学研究，中国法制文化史，先秦史专题,中国思想史，边疆史地文献研究等。
历史学专门史专业导师的研究成果丰硕，主要有《西藏开发研究》，《清代边疆开发》，《清代西部边疆开发》，《中国历史-元明清卷》，《18世纪的中国与世界•边疆民族卷》，《十八世纪的中国与世界•军事卷》，《中国经济法历史渊源原论》，《蒙古族通史》第四卷，《卫拉特蒙古史纲》，《儒学地域化的近代形态——三大知识群体互动的比较研究》，《杨念群自选集》，《中层理论：东西方思想会通下的中国史研究》，《空间•记忆•社会转型——"新社会史"研究论文精选集》《雪域求法记—一个汉人喇嘛的口述史》，《新史学－多学科对话的图景》，《昨日之我与今日之我—当代史学的反思与阐释，《再造“病人”—中西医冲突下的空间政治》等。
本专业近十年来主持和参加了十余项国家、教育部的的科研项目，获得科研经费近百万元，主要项目有：
1、《清代边疆开发研究》；
2、《清代西藏开发研究》；
3、《清代疆域形成研究》；
4、《清代边疆社会经济变迁研究》；
5、《清代新疆开发和人口变迁研究》；
6、《18世纪中国与世界研究》（边疆民族、军事部分）；
7、《21世纪历史教科书－元明清卷》（清代部分）；
8、《清史纂修－乾隆朝研究》；
9、《清史纂修－清代史事年表》；