水生生物研究所2014年度硕士招生将按照国家规定进行研究生教育投入机制改革，对新入学研究生收取学费，同时将按照国科大完善后的研究生奖助政策体系执行对研究生的奖助金的发放，提高优秀在学研究生的奖助力度。
中科院水生生物研究所在读研究生除享受国科大的各类冠名奖学金外，中科院水生生物研究所还设立有丰厚的奖学金来奖励有优秀科研成果的在读研究生，其中，“海大奖学金”最高金额为6000元/人；“昌华奖学金”的最高金额为4000元/人。每年中科院水生生物研究所在研究生生活、活动方面的投入有1000余万元。现有在学研究生、博士后以及高访学者490余人。