合肥研究院国内招收的研究生全为公费生。研究生在学期间实行助学金+研究助理金+奖学金制度，每位研究生根据攻读学位和开展科研课题的不同，每年可获15,000-30,000元各种补贴。此外，近30年的研究生培养教育历史，先进的仪器设备，丰富的图书情报资料，充足的科研经费，这些都为研究生攻读学位和开展基础、高科技课题研究提供了优越的条件。