2013年接受校内推荐免试硕士研究生专业目录
| 学院代码 | 学院 | 专业 代码 | 接收专业 | 学术型数 | 专业学位数 | 备注 |
| 001 | 基础医学院 （28） | 071003 | 生理学 | 3 | ||
| 071006 | 神经生物学 | 1 | ||||
| 071007 | 遗传学 | 1 | ||||
| 071009 | 细胞生物学 | 1 | ||||
| 071010 | 生物化学与分子生物学 | 3 | ||||
| 1001011 | 人体解剖与组织胚胎学(人解) | 2 | ||||
| 1001012 | 人体解剖与组织胚胎学(组胚) | 3 | ||||
| 100102 | 免疫学 | 1 | ||||
| 100103 | 病原生物学 | 2 | ||||
| 100104 | 病理学与病理生理学 (病理) | 1 | ||||
| 100104 | 病理学与病理生理学 (病生) | 6 | ||||
| 100706 | 药理学 | 3 | ||||
| 1055 | 药学(专业学位) | 1 | ||||
| 021 | 生殖医学国家重点实验室（4） | 1001Z1 | 生殖医学 | 4 | ||
| 002 | 药学院 （6） | 100701 | 药物化学 | 1 | ||
| 100704 | 药物分析学 | 1 | ||||
| 100706 | 药理学 | 2 | ||||
| 1055 | 药学(专业学位) | 2 | ||||
| 003 | 公共卫生学院 （13） | 100401 | 流行病与卫生统计学 | 3 | ||
| 100402 | 劳动卫生与环境卫生学 | 3 | ||||
| 100405 | 卫生毒理学 | 2 | ||||
| 100403 | 营养与食品卫生学 | 2 | ||||
| 1053 | 公共卫生(专业学位) | 1 | 01-03方向 | |||
| 0779 | 公共卫生与预防医学 | 2 | 02-04方向，理学硕士 | |||
| 004 | 护理学院（1） | 1054 | 护理(专业学位) | 1 | ||
| 005 | 医政学院（4） | 120402 | 社会医学与卫生事业管理 | 4 | ||
| 006 | 口腔医学院 （5） | 1003021 | 口腔临床医学 (口腔内科学) | 1 | ||
| 1003022 | 口腔临床医学 (口腔外科学) | 1 | ||||
| 10521 | 口腔医学 (口腔内科学)(专业学位) | 1 | ||||
| 10523 | 口腔医学 (口腔修复学)(专业学位) | 1 | ||||
| 10524 | 口腔医学 (口腔正畸学)(专业学位) | 1 | ||||
| 007 | 第一临床医学院 (内科组)（15） | 1002011 | 内科学(心血管病) | 1 | ||
| 1002012 | 内科学(血液病) | 1 | ||||
| 1002013 | 内科学(呼吸系病) | 1 | ||||
| 1002014 | 内科学(消化系病) | 1 | ||||
| 1002015 | 内科学(内分泌与代谢病) | 1 | ||||
| 1002016 | 内科学(肾病) | 1 | ||||
| 100214 | 肿瘤学 | 1 | ||||
| 1051011 | 内科学(心血管病)(专业学位) | 1 | ||||
| 1051012 | 内科学(血液病)(专业学位) | 1 | ||||
| 1051013 | 内科学(呼吸系病)(专业学位) | 1 | ||||
| 1051018 | 内科学(传染病)(专业学位) | 1 | ||||
| 105102 | 儿科学(专业学位) | 1 | ||||
| 105103 | 老年医学(专业学位) | 1 | ||||
| 105104 | 神经病学(专业学位) | 1 | ||||
| 105106 | 皮肤病与性病学(专业学位) | 1 | ||||
| 第一临床医学院 (外科组)（12） | 1002101 | 外科学(普外) | 1 | |||
| 1002102 | 外科学(骨外) | 1 | ||||
| 1002103 | 外科学(泌尿外) | 1 | ||||
| 1002104 | 外科学(胸心外) | 1 | ||||
| 1051091 | 外科学(普外)(专业学位) | 1 | ||||
| 1051093 | 外科学(泌尿外)(专业学位) | 1 | ||||
| 1051095 | 外科学(神外)(专业学位) | 1 | ||||
| 100211 | 妇产科学 | 1 | ||||
| 105110 | 妇产科学(专业学位) | 1 | ||||
| 105111 | 眼科学(专业学位) | 1 | ||||
| 105112 | 耳鼻咽喉科学(专业学位) | 1 | ||||
| 100217 | 麻醉学 | 1 | ||||
| 第一临床医学院 (其他专业组)（4） | 1009 | 特种医学 | 1 | |||
| 105107 | 影像医学与核医学(专业学位) | 1 | ||||
| 105108 | 临床检验诊断学(专业学位) | 1 | ||||
| 105114 | 康复医学与理疗学(专业学位) | 1 | ||||
| 008 | 第二临床医学院 （5） | 1051016 | 内科学(肾病)(专业学位) | 1 | ||
| 1051015 | 内科学(内分泌与代谢病)(专业学位) | 1 | ||||
| 1051014 | 内科学(消化系病)(专业学位) | 1 | ||||
| 105103 | 老年医学(专业学位) | 1 | ||||
| 1002101 | 外科学(普外) | 1 | ||||
| 009 | 第三临床医学院 （5） | 1051015 | 内科学(内分泌与代谢病)(专业学位) | 1 | ||
| 105107 | 影像医学与核医学(专业学位) | 1 | ||||
| 1051091 | 外科学(普外)(专业学位) | 1 | ||||
| 105110 | 妇产科学(专业学位) | 1 | ||||
| 100706 | 药理学 | 1 | ||||
| 010 | 第四临床医学院 （9） | 100204 | 神经病学 | 1 | 附属南京脑科医院 | |
| 105104 | 神经病学(专业学位) | 1 | 附属南京脑科医院 | |||
| 105110 | 妇产科学(专业学位) | 2 | 附属南京妇幼保健院 | |||
| 100202 | 儿科学 | 2 | 附属南京儿童医院 | |||
| 100214 | 肿瘤学 | 1 | 附属江苏省肿瘤医院 | |||
| 105113 | 肿瘤学(专业学位) | 1 | 附属江苏省肿瘤医院 | |||
| 105111 | 眼科学(专业学位) | 1 | 附属眼科医院 | |||
| 011 | 鼓楼临床医学院 （2） | 100210 | 妇产科学 | 1 | ||
| 1051091 | 外科学(普外)(专业学位) | 1 | ||||
| 外推 | 6 | 6 | ||||
| 合计 | 80 | 45 |