发展简史
石河子大学医学院基础医学系经历石河子医学院基础医学部（1990年）、石河子医学院医疗系（1992年）、石河子大学医学院医学系（1996年）、石河子大学医学院基础医学系（2002年12月）等几个阶段的建设和发展，在师资队伍、学科建设、本专科教学、研究生教育、科学研究等各方面都有了长足的发展，并具备了一定的基础和规模。
现任系领导
潘晓琳：系主任，病理学教授，硕士生导师。
张万江：系党总支书记兼系副主任，医学博士，病理生理学副教授，硕士生导师。
谢建新：系副主任，医学博士，解剖学教授，硕士生导师。
刘政江：系党总支副书记，生理学副教授。
机构设置及负责人系办公室
苏荟系办公室副主任，实习研究员。
刘艳琴党务秘书，政工师。
解惠平行政、教学秘书，政工师。
教研室
人体解剖学教研室主任：赵咏梅
组织胚胎学教研室主任：李思源
病理学教研室主任：陆天才副主任：高志斌赵瑾
遗传学教研室主任：谢菁
病原生物学与免疫学教研室主任：袁俐副主任：陈雪玲
生理学教研室主任：呼海燕
生物化学教研室主任：黄瑾副主任：袁红琳
病理生理学教研室主任：何芳
教学实验中心
医学形态实验中心主任：谢菁
医学机能实验中心主任：张春军副主任：孙志萍
临床技能实验中心主任：田永让
专业教学实验室
解剖学实验室主任：赵咏梅
师资队伍
基础医学系现有教师105人，其中教授15人，副教授18人，讲师28人，助教15人；高级实验师7人，实验师17人，助理实验师2人；政工师2人、实习研究员1人；教师中具有博士学位者4人，硕士学位者21人，在读博士研究生8人，在读硕士研究生17人。
本、专科教学
共开设本专科医学基础课程24门，分别是人体系统解剖学、局部解剖学、实用护理解剖学、人体断层解剖学、麻醉解剖学、口腔解剖生理学，组织学与胚胎学，医学免疫学，病原生物学，病理学，法医学，口腔组织病理学，脱落细胞学，细胞生物学，医学遗传学，生理学，麻醉生理学，人体解剖生理学，运动生理学，病理生理学，生物化学，医学分子生物学，临床生化检验，医学机能学。年均完成教学工作量约3万学时。
教学实验室用房总面积达3986平方米，教学实验设备总值达1100万元。
课程建设
大学精品课程一门：病理学
大学一类课程六门：病理学、人体解剖学、生物化学、生理学、病原生物学与免疫学、病理生理学
学科建设及重点实验室建设
兵团重点学科：病理学与病理生理学，
大学重点学科：病理学与病理生理学、生物化学与分子生物学
省部共建教育部重点实验室：新疆地方与民族高发病实验室
兵团及大学重点实验室：分子医学实验室
医学院重点实验室：肿瘤研究中心
研究生教育
1998年获硕士学位授予权，现有4个硕士学位授予点：病理学与病理生理学、生物化学与分子生物学、生理学、人体解剖学与组织胚胎学。硕士生导师17人，开设研究生课程39门，共招收硕士研究生62人，毕业14人。
科学研究
（1）主要研究方向
病理学与病理生理学－肿瘤分子病理学
－肿瘤病理诊断
－心血管病理生理学
生物化学与分子生物学－环境与基因
－抗肿瘤药物研制
－神经分子生物学
生理学－神经生理学
－心血管生理学
人体解剖学与组织胚胎学－生殖与发育
（2）目前承担科研项目及经费
国家自然基金资助项目7项；
科技部新药博士基金资助项目1项；
教育部科学技术研究重点项目2项；
兵团博士资金资助项目3项；
兵团医药专项资金资助项目7项；
石河子大学科技资金资助项目11项。
近3年科研经费总额约250万元人民币。
（3）科研条件科研用房面积约1150平方米；科研仪器设备总价值约400万元人民币。