青藏高原独特的地域环境和人文背景孕育了博大精深的藏族文化。藏医作为博大奇特的藏文化的重要组成部分，是一个具有完整理论和丰富实践经验结晶的传统医学体系，有独特系统的分科和丰富的论著典籍，是世界医学领域内历史最悠久的医学体系之一，是中华民族优秀传统文化和祖国医药学的重要组成部分，是中华民族宝贵的物质财富和文化遗产，为藏民族和其他兄弟民族的繁衍生息作出了不可磨灭的贡献。
甘肃中医学院和甘南藏族自治州人民政府联合于1989年秋季在甘南藏族自治州卫生学校开办了藏医系，设置藏医专业三年制专科教育，面向全省藏区招生。2001年由专科升为本科，2005年又开设了藏西医临床方向专业，从而使藏医药学教育初步形成了多层次、多形式培养藏医药专业技术人才的教育体系。
藏医学院现有专任教师30余人，其中高职称教师13人，在校学生324人，其中本科192人，专科132人。近几年来，学院主编和参编中等医学统编教材6种，出版藏医学专科自编教材17种，编写完成面向21世纪藏医学本科规划教材3种，在国家级、省级刊物发表教研论文200余篇，教师教学科研能力稳步提高。多年来，为社会培养了大批合格的藏医专、本科卫技人才，为民族地区经济社会发展作除了积极的贡献。