基础医学院的前身是基础部，基础部始建于1978年，2002年11月更名为基础医学院，是学院的教学管理、组织部门。
基础部由17个教研室、2个研究室和1个综合实验室组成：
1、17个教研室：包括体育、语文、数学与计算机、物理学、化学、人体解剖学、组织胚胎学、生物学、生理学、生物化学、寄生虫学、病理学、药理学、微生物与免疫学、病理生理学、预防医学、法医学等。
2、2个独立研究室：神经生物学研究室、肾功能保护研究室。
3、1个综合实验室：中心实验室。
尚有2个挂靠于教研室的非独立研究室，体质人类学研究室（挂靠于人体解剖学教研室）和肿瘤研究室（挂靠于病理学教研室）。
现有教职工320人。其中教师251人，实验技术人员48人，工人17人；有教授（研究员）13名，副教授（副研究员）45名，讲师79名；有研究生学历的23人，本科学历的214人，专科学历的46人；有硕士生导师21名。教职工中先后有享受政府津贴者4名、全国优秀教师2名、省劳模1名、市级以上先进工作者14人次。
承担着全院从研究生到预科生的普通基础课和基础医学课的教学工作，承担着病检诊断方向、预防医学专业药学专业及预科的教务管理工作，并负责本科各专业学生前两年半、专科各专业学生第一年的管理工作及预科学生的管理工作。
基础医学院现有省级重点建设课程8门，它们是：人体解剖学、体育学、生物学、组织胚胎学、生理学、药理学、病理学、微生物与免疫学。有院级重点课程9门。有全国高校“先进实验室”1个：人体解剖学实验室。有生理学、病理与病理生理学和中西医结合基础3个硕士点，每年招收硕士研究20名左右。
基础医学院教职工在完成繁重教学任务的同时，积极开展科学研究。先后科研立题208项，获科研经费161.84万元。特别是近10年间，先后获国家自然科学基金、卫生部和国家中医药管理局课题资助9项；先后有课题获奖65项，其中获省级科技进步二等奖2项；先后有近1000余篇研究论文在国际、国家级、省级学术刊物上发表或参加全国、省级学术会议，其中发表于国际和全国性专业杂志或专辑上的论文占总论文数的30%以上；研究成果不断提高，其中心肌电、生理学、体质人类学、手皮纹学、心肌细胞培养、慢性胃溃疡癌变、免疫复合型肾小球肾炎、肾缺血损伤及药物的保护作用等的研究的水平均达到国内先进或领先水平。