我院是全国中医药院校最早设有药学系的两所院校之一，药学系创建于1973年，目前有本科生800余人，硕士研究生30余人，博士生3人。
药学系现设有药学。药物制剂。药学（医药营销方向）三个本科专业，设有药物化学学科组。药物分析学科组。药理学学科组。普通化学教研室。医药营销教研室。基础化学实验中心。药物研究所。药业科技开发公司等教学。科研机构，其中药物化学。药剂学。生物学具有硕士学位授予权。2003年又将新增药物分析和药理学硕士点，药剂学是省级重点学科。
药学系现有教职工52人，其中教授14人，副教授17人，有博士学位教师5人，硕士学位教师22人，博士研究生指导教师2人，硕士研究生指导教师13人。近五年来，主持和参加省部级以上科研课题14项，正在研究的国家一、二、三类新药8项。获得省部级以上科技进步奖、技术创新奖、优秀教学成果奖等各种奖励9项，其中国家级奖励2项。承担全国高等药学教育统编、协编教材任主编、副主编25部。