该系创建于1959年，现有中医专业和中西医临床医学专业。共有教师192人，其中正高27人，副高52人，中级51人。
我院中医专业是江西省唯一具有学士学位授予权的中医学本科专业，以中西医临床医学、中医学、国际交流等为主，使祖国传统医学特色与现代医学新知识新理论相结合，把中医学科与信息科学。生命科学。人文科学相融合，发展新兴交叉学科，拓展专业口径，优化培育计划。有较宽的学术领域和良好的科研基础，有相对稳定的研究方向，分呼吸。肾病。消化。心脑。血液。内分泌。脑瘤及中西医结合急诊等7个三级临床学科，其中呼吸。肾病。中西医结合急诊等三科室为国家药品临床研究基地。
中医内科学为“九五”、“十五”省级重点学科、“中医呼吸学科”为国家中医药管理局重点建设学科、“中医临床基础”为省级优质课程。中医专业是我院传统优势专业，2002年被评为江西省高等学校本科品牌专业。有硕士学位授予点7个，涵盖了所有临床学科。
科研项目共194项，其中国家中医药管理局8项，省级14项，厅级65项，院级83项。获得省卫生厅技术创新一。二。三等奖各1项，南昌市科技进步奖1项。
中医学（国际交流方向）：（五年制、文科，授予医学学士学位）
1、课程设置：公共英语、医学英语、中医基础理论、现代医学基础、中医古典医著、中医诊断学、中药学、方剂学、中医内科学、中医外伤科学、中医妇科学、中医儿科学、针灸学等。
2、特色与优势：中医学是祖国传统医学，为人类提供了健康的保障，具有独立的、科学的医疗体系和行之有效的诊疗技术。该专业既继承保留了传统医学的理论方法，又教授现代医学新成就、新技术。随着中医药学被世界各国所瞩目和接受，顺应中医药进入世界医疗主流体系的趋势，要求学生在学习中西医理论的同时，着重加强对英语的学习。
3、就业前景：学生毕业后，能够掌握中西医学基本理论和基本技能，并有良好的人文素质和社会适应能力，能在各级医疗机构、医药研究所、医药情报所从事医疗诊治及对外交流工作或在高、中等医药院校任教。
中医学：（五年制、理科，授予医学学士学位）
1、课程设置：中医基础理论、现代医学基础、中医古典医著、中医诊断学、中药学、方剂学、中医内科学、中医外伤科学、中医妇科学、中医儿科学、针灸学等。
2、该专业经历了40多年的探索和发展，形成了独到的专业特色和优势，拥有一支素质优良、结构合理、专业力量雄厚的师资队伍，博士研究生导师4人，硕士研究生导师23人，高级职称教师占本专业教师60%.加入WTO后，中医学已被世界各国所瞩目和接受，具有广阔的发展前景。
3、就业前景：学生毕业后，具备扎实的中医学理论知识及特殊的中医医疗方法，能够到医药卫生行业从事医疗、科研、教学、社区保健、卫生防疫、卫生行政事业管理等工作。
中西医临床医学：（五年制、理科，授予医学学士学位）
1、课程设置：中医基础理论、现代医学基础、中医古典医著、中医诊断学、中药学、方剂学、中西医结合内科学、中西医结合外科学、中西医结合妇科学、中西医结合儿科学、针灸学等。
2、特色与优势：面向新世纪，该专业在传授传统中医学理论的同时，加强了对西方现代医学新成就、新技术的学习，注重学生的实践能力和创新精神的培养，顺应中医药进入世界医疗主流体系的趋势，以培养适应社会需要和医药卫生事业发展需要的优秀人才。
3、就业前景：该专业学生毕业后，能够掌握中西医学基本理论和基本技能，并有良好的人文素质和社会适应能力，可以从事医药卫生行业的医疗、科研、教学、社区保健、卫生防疫、卫生行政事业管理等工作。并且本专业硕士研究生招生量较大，可继续求学深造。尤其是随着国民经济发展，人民生活水平提高，全面建设小康社会的奋斗目标的确立，本专业毕业生就业前景良好，在广阔的医疗市场中可大有作为。
部分知名校友
吕爱平中国中医研究院基础所所长
吴浈江西省药监局局长
刘晓庄江西省药监局副局长
陈明人江西中医学院副院长
左铮云江西中医学院副院长
何玉信美国澳斯汀东方医学院教授（博士后毕业）
张跃荣美国纽约中医学院院长
管飞私营企业总裁（个人资产超亿元）
程昭擐中国中医研究院教授。主任医师