中医临床学院创办于1959年，前身为中医系，1997年更名为临床医学一系，2004年更名为中医临床学院。安徽中医学院中医药研究所、新安医学研究中心挂靠在我院。设有中医基础理论教研室、中医诊断学教研室、中药学教研室、方剂学教研室、临床基础教研室、医史文献教研室6个教研室和1个教学实验中心。
学院现有教职工52人，其中正高17人，副高19人；具有硕士以上学位者30人，博士学位和博士在读共23人；博士生导师2人，硕士生导师17人；省级学术技术带头1人，省级拔尖人才1人，省级中青年学科带头人2人，省级优秀中青年骨干教师6人；全国优秀教师1人，省级优秀教师2人，省级教学名师1人，享受政府津贴3人。拥有1个省级科技创新团队，1个省级教学团队。
学院现有本科中医学专业1个，是国家教育部高等学校特色专业和省级教改示范专业，专业方向5个（临床医学、国际交流、妇产科学、新安医学教改试验班、定向订单式培养班），硕士点5个，博士生联合培养基地2个，博士学位建设单位授权学科1个，博士后岗位1个。已培养本科生、研究生共9000余人，目前在校生1200余人。
学院拥有1个省级人才培养模式创新实验区，2个省级重点学科，6个国家中医药管理局重点学科协作建设单位，1个国家中医药管理局科研三级实验室，1个国家级精品课程，6门省级精品课程。