制药工程系是学校整合制药工程专业等相关资源组建而成。现拥有制药工程本科专业、生物化工硕士授权点、生物质化学化工博士授权点以及制药工程领域工程硕士授权资格。其中制药工程专业是1997年与安徽中医学院合办的专业，为国内最早一批招收本科制药工程专业的高校，2003年在两校资源共享的基础上，实现独立招生，经过10多年的建设，本专业已成为合肥工业大学的教改示范专业、优势专业和校级特色专业，并于2009年被列为国家级特色专业。制药工程系现已为国家培养并向社会输送本科生和研究生800？余人，在读本科生和研究生近400？人。
制药工程系现有专职教师12人，其中教授2人，副教授5人，硕士生导师7人，所有授课教师均具有硕士以上学位，其中已获博士学位7人，在职攻读博士学位3人。这些教师分别拥有医学、药学、化学、制药工程、生物化工等专业教育背景，部分教师同时具有工业界一线工作经历。教师队伍先后承担了多项教学研究课题，取得了国家级教学成果二等奖1项、省级教学成果二等奖1项和国家级质量工程项目2项，完成数十项国家级、省部级科研课题以及企业委托科研项目。另还配备了专门的实验与教学设备，建有校内外实习教学基地10余家，具有较完备的专业实践教学与科研实验平台条件。