生物医学工程系成立于2001年。现有专职教师6人，均为硕士研究生以上学历，其中教授2人，博士及在职博士5人。生物医学工程系自2001年开始招收生物医学工程专业本科学生以来，在师资队伍建设、专业建设、实验室建设等各方面都有了长足的发展。该专业的特点是集多学科交叉的边缘学科，是将生物学和医学与计算机、信息技术和智能控制等多学科相结合的产物，将在二十一世纪的发展中具有十分重要的地位。
目前本专业已有两届毕业生走向社会，除一部分深造读研究生外，毕业生的主要去向是各医院设备、信息中心和医疗设备等高新技术企业以及计算机、信息技术等行业。