南京中医药大学信息技术学院成立于2003年。南京中医药大学为了适应学校创办国际著名、国内一流大学的目标，同时也为了适应社会主义市场经济发展对人才的需求，拓宽人才培养的途径，培养社会急需的交叉学科的综合型人才，实现学校以中医药为主体、多学科为支撑协调发展的办学目标，成立了信息技术学院。
学院设有3个教研室、1个教学实验中心等6个教学科研单位。拥有一支以中青年教师为骨干力量，高素质、高学历的富有活力的教师队伍，现有教职工37人，其中高级职称7名，中级职称21名。自2000年以来，学校和澳大利亚西悉尼大学联合开办了计算机与电子商务专业方向，学院成立之后独立开办了计算机科学与技术专业、医药信息工程专业方向。计算机科学与技术专业已形成了一套较为完善的教学体系、教学大纲和教学计划，有较为完善的办学条件。
学院教学试验中心有1020个机位的机房，组建了5个计算机专业机房、3个计算机硬件实验室。所有计算机百兆接入Internet，主干千兆接入城域网。教学仪器设备总值近 600万元，为计算机基础和专业课程的教学、科研奠定了坚实的基础，同时非常注重学生综合能力的培养，尤其是动手能力的培养。实验中心全天候对学生开放，被江苏省教育厅评审列为省级基础课教学实验示范中心。
学院与全国十几家高等院校、计算机企业和软件公司保持着密切的往来关系，与江苏省内各地的卫生局、医院和医药企业保持着十分友好的合作往来关系。对深化教学改革，培养学生实践能力提供了有益的帮助，并形成了有利于学生分配的宽广渠道。