南京中医药大学外国语学院的前身是学校的外语教研室，伴随着学校的发展而茁壮成长。是江苏省高校外语教学研究会理事单位。长期以来，外国语学院全体教职工兢兢业业，勤奋工作，积极开拓，积极探索教改新路，不断提高教学质量，承担着全校各级各类学生的公共外语、第二外语的教学工作，为学校人才培养和中医药走向世界作出了重要贡献。学院自2001年起开办中医学（医学英语）专业，并在此基础上于2003年创建英语本科专业，充分利用学校品牌专业的优势，实行外语加中医药的教学模式，培养复合型英语人才。
学院资料室、语音室设施先进。收藏较为齐全的外语书刊文献和音像教学资料。新建的外语自学中心、外语阅览室和多个多媒体语言实验室，基本满足了教学需求。
学院长期承担中医药国际会议的翻译工作、中医药临床翻译工作和中医药文献翻译工作，并在中医药翻译、应用语言学等领域取得了可喜的成绩。近年来，先后在国内外学术期刊上发表了一批关于中医药翻译的论文，出版了中医药方面的外语教材、译著、词典。初步形成了中医翻译史、语料库语言学、语言教学理论与实践等研究特色，学科建设呈现了良好的发展势头。