药学院通过向国内外引进高层次学科带头人和学术骨干，并整合南京医科大学原有的师资力量，目前已形成一支学历层次高、教学经验丰富、科研能力强的师资队伍。学院现有教职员工57人，其中教师40人，实验室技术人员10人，专职行政管理人员7人。教师中正副教授14人，博导4人、硕导14人，另有兼职正副教授12人。
学院现设有3个学系：药学系，化学系与临床药学系；一个江苏省药学综合实验教学示范中心；5个研究中心，分别为：江苏省基因药物中心、应用药物研究所、药物分析测试中心、脑血管病研究室、医药分子印记技术中心（筹建中）。涵盖了化学、药物化学、药物制剂学、药物分析学、药理学、临床药学、天然药物学等学科，其中药理学科为国家重点学科，药学一级学科为省级重点学科，药物化学和药物分析学为校重点学科。学院设立了药学一级学科博士后科研流动站，具有药学一级学科博士学位和硕士学位授权资格。
学院创办以来，不断发展壮大，教学管理不断完善，教育教学质量不断提高，教学实验室设施优良，教学、科研、科技开发和社会服务均取得较大成绩，承担多项国家及省级重大科研项目，主要科研成果在国际知名刊物上发表，在国内外学术界有一定影响，初步形成了研究教学型学院的框架。建院来学院承担国家自然科学基金重点项目1项，“973”课题1项，“863”计划1项，国家重大新药创制2项，国家自然科学基金面上及青年基金19项，省级科研项目19项。发表论文被SCI收录的有60余篇，其中获标志性学术成果，在《Nature Medicine》（2010;16(12):1439-1443）杂志上发表论文《Treatment of cerebral ischemia by disrupting ischemia-induced interaction of nNOS with PSD-95》。同时，全院教职员工以自己的知识积极为社会服务，科技服务开发也取得一定成绩。获得新药证书4件。
学院通过对国际药学教育的发展趋势和我国药学教育的现状进行反复论证和分析，开设了临床药学和药学专业，每年计划招收本科生120人。在课程设置、教材选择、师资配备、教学实践和毕业实习等方面充分发挥南京医科大学原有的优势，强调“人无我有、人有我优”，尤其在生物学、基础医学、临床医学、临床药物治疗学、临床药理学等学科，师资力量雄厚，充分体现我院“服务临床、面向经济建设”的办学宗旨，“从化学模式向生物医学模式转变”的办学模式和“教学与研究相长、学识与能力并进”的办学理念。
学院在“十二五”期间的总体目标是：全面提高学院在学科建设、人才培养、科学研究、科技开发、科学管理上的整体水平，力争到“十二五”末期，初步把我院建成有特色，国内知名的药学院。