本专业属于交叉性学科，以复杂系统为对象进行研究，致力于培养具有扎实的数理基础，掌握研究系统科学的基本概念、方法和工具，初步具有独立从事系统科学理论及系统分析与集成的科学研究、教学等能力及跨学科复合型人才。系统分析与集成硕士专业始建于1998年，主要研究方向包括专家系统与智能控制、智能仪表与集成、计算机控制与信息技术、电力系统分析与集成、信息系统工程、网络系统分析与集成、计算机集成系统等。
该专业学制3年，主要课程有：自然辩证法、科学社会主义理论与实践、英语、矩阵论、泛函分析、系统辨识与自适应控制、信息系统分析与集成、最优化理论与方法、系统模拟与仿真、专业英语及各研究方向指定选修课。本学科硕士学位获得者可在科研院所、高等院校从事科研或教学工作，在信息技术、政府机关等行业，社会、金融、工程技术等领域从事系统建模、分析、控制、设计、开发和管理等工作。