系统理论是理学门类中，系统科学一级学科下属的二级学科，它研究的是现代系统科学的理论、方法和工具。系统理论是在二十世纪中兴起的，是人类认识、描述、管理、控制各种类型复杂系统的理论和方法。该学科具有鲜明的综合性和实践性，直接为目前急需的系统工程等领域培养技术骨干和研究人才。本专业主要研究方向包括非线性系统分析与应用、智能控制理论与应用、复杂系统分析与建模、技术经济系统的演化。
该专业学制3年，主要课程有：自然辩证法、科学社会主义理论与实践、英语、矩阵论、泛函分析、系统辨识与自适应控制、最优化理论与方法、非平衡系统理论、复杂系统理论、专业英语及各研究方向指定选修课。
系统科学（0711）现有硕士生导师17人，其中教授7人，副教授10人。本学科硕士学位获得者可在科研院所、高等院校从事科研或教学工作，在信息技术、政府机关等行业，社会、金融、工程技术等领域从事系统建模、分析、控制、设计、开发和管理等工作。